正德十一年（1516），考中举人。

正德十五年（1520），卒业北京国子监。明武宗南巡，黄直想给明武宗写奏疏，但苦于力量有限，于是投书于杨廷和、毛澄、陆完等人，见其书词激烈，莫不叹赏称许。黄直归乡后，到赣州师从王守仁。

嘉靖二年（1523），参加会试。主考官发策试题极力诋毁陆王心学。黄直与同门欧阳德不附和主考官的意思，在试卷中主张陆王心学，对群议进行驳斥。翰林院编修马汝骥看到试卷后，击节赞叹，以为奇士，力排众议将黄直二人一并录取。中进士后，黄直立即上疏，陈述有关隆圣治、保圣躬、敦圣孝、明圣鉴、勤圣学、务圣道六事。授漳州府推官。漳州的风俗，鬼神崇拜很盛行，黄直下令将境内滥设的祠庙全部毁去，出售庙产得的钱、拆下的建筑材料，全部用于兴建桥梁、公廨，被御史诬陷定罪。