1971年，重庆市市中区地下铁道工程处被迫停工解散，修建的隧道移交人防部门。

1983年，《重庆市城市总体规划（1982-2000年）》提出建设地下铁道，由朝天门至杨家坪，沿途经过较场口、菜园坝、两路口、鹅岭、大坪、谢家湾，全长约12.2千米；该规划亦提出，菜园坝火车站（重庆站）改建后，由梨树湾经沙坪坝至菜园坝的铁路联络线开行城市列车，发挥轨道交通功能。

1988年，重庆市引入外地商人组建地铁集团投资修建地铁，公司设两路口，并曾开工建设，主要仍是在原人防工事基础上扩展施工。

1991年，《重庆市综合交通规划（1990-2005年）》提出建设“南坪—新牌坊、朝天门—双碑、朝天门—九宫庙”3条干线轻轨，以及“杨家坪—石桥铺”轨道连接线的规划方案，线网总长约55千米。

1998年，《重庆市城市总体规划（1996-2020年）》在1991年综合交通规划基础上，保留了朝沙线，调整了朝新线半岛地区走向，将新牌坊—南坪线北向延伸至重庆江北国际机场，将杨家坪一石桥铺线东向延伸至四公里，增加五号线（童家院子—冉家坝—高家花园大桥—杨公桥—上桥—中梁山），轨道线路总长约119千米，线网密度约0.36千米/平方米。

2000年6月，重庆轨道交通较新线（今重庆轨道交通2号线一期）工程试验段开工建设。12月26日，重庆轨道交通较新线工程正式开工建设。

2003年《重庆市主城区综合交通规划（2002-2020年）》和2007年《重庆市城市总体规划（2005-2020年）》提出，主城区轨道交通线网格局扩展为“九线一环”；该线网骨架承袭了1998年总体规划轨道线网结构，总长约522千米，线网密度约0.66千米/平方千米。

2003年11月，重庆轨道交通2号线二期工程开工建设。

2004年11月6日起，重庆轨道交通2号线一期大坪站至动物园站段于每周六上午及周日上午开放观光运行。12月11日起，重庆轨道交通2号线一期全线于每周末开放观光运行。12月28日，重庆轨道交通2号线一期开始试运行。

2005年6月18日，重庆轨道交通2号线一期（较场口站至动物园站）开通试运营。

2006年6月，中华人民共和国国务院批复《重庆市城市快速轨道交通建设规划（2006~2014年）》，包含重庆轨道交通1号线一、二期、重庆轨道交通3号线一期、重庆轨道交通6号线一期。7月1日，重庆轨道交通2号线二期（动物园站至新山村站）开通试运营。

2007年4月6日，重庆轨道交通3号线一期工程正式开工建设。6月18日，重庆轨道交通1号线一期工程开工建设。

2008年7月31日，重庆轨道交通2号线南延伸段工程开工建设。11月，重庆轨道交通1号线二期工程开工建设。

2009年6月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市快速轨道交通建设规划（2006~2014年）调整方案》，包含重庆轨道交通2号线延伸线（重庆轨道交通2号线南延伸段）、重庆轨道交通3号线延伸线（重庆轨道交通3号线南延伸段及重庆轨道交通3号线北延伸段）、重庆轨道交通6号线延伸线（即重庆轨道交通6号线二期）。12月25日，重庆轨道交通6号线一期工程开工建设。

2010年5月，重庆轨道交通6号线二期工程开工建设。7月，重庆轨道交通6号线支线（今重庆轨道交通国博线）一期工程开工建设。

2011年7月28日，重庆轨道交通1号线一期小什字站至沙坪坝站段（除小什字站、高庙村站、马家岩站）开通试运营。9月27日，重庆轨道交通1号线小什字站开通。9月29日，重庆轨道交通3号线两路口站至鸳鸯站段（除红旗河沟站、郑家院子站、龙头寺站、童家院子站）开通试运营。10月17日，重庆轨道交通1号线高庙村站开通。11月8日，重庆轨道交通3号线鸳鸯站至长福路站段开通试运营。12月30日，重庆轨道交通3号线童家院子站开通，重庆轨道交通3号线两路口站至二塘站段（除铜元局站、工贸站）及长福路站至江北机场站段开通试运营。

2012年3月1日，重庆轨道交通1号线与重庆轨道交通2号线的换乘站较场口站开通站内换乘，重庆轨道交通3号线红旗河沟站开通。5月1日，重庆轨道交通3号线郑家院子站开通。9月20日，重庆轨道交通1号线延伸段工程开工建设。9月28日，重庆轨道交通6号线一期五里店站至康庄站段（除冉家坝站）开通试运营。12月20日，重庆轨道交通1号线二期（沙坪坝站至大学城站，除石井坡站、微电园站）开通试运营。12月24日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第二轮建设规划（2012~2020年）》，包含重庆轨道交通环线、重庆轨道交通4号线一期、重庆轨道交通5号线一期、重庆轨道交通6号线支线一、二期（今重庆轨道交通国博线一、二期）、重庆轨道交通9号线一、二期、重庆轨道交通10号线。12月26日，重庆轨道交通6号线一期康庄站至礼嘉站段（除九曲河站）开通试运营。12月28日，重庆轨道交通3号线工贸站、铜元局站开通，重庆轨道交通3号线南延伸段（二塘站至鱼洞站，除岔路口站、花溪站、金竹站）开通试运营。

2013年1月20日，重庆轨道交通6号线冉家坝站开通。1月31日，重庆轨道交通3号线岔路口站、花溪站、金竹站开通。2月5日，重庆轨道交通3号线龙头寺站开通。3月28日，重庆轨道交通1号线微电园站开通。5月15日，重庆轨道交通国博线一期（礼嘉站至悦来站，除平场站、黄茅坪站、高义口站）开通试运营。9月25日，重庆轨道交通1号线马家岩站开通。10月28日，重庆轨道交通环线工程开工建设。12月3日，重庆轨道交通4号线一期工程、5号线一期工程开工建设。12月31日，重庆轨道交通6号线二期北段（礼嘉站至北碚站，除曹家湾站、向家岗站、天生站）开通试运营，标志着重庆轨道交通覆盖重庆市主城全部九区。

2014年6月17日，重庆轨道交通1号线尖璧段工程开工建设。9月28日，重庆轨道交通1号线石井坡站、重庆轨道交通6号线九曲河站、重庆轨道交通6号线天生站开通。11月26日，重庆轨道交通6号线向家岗站开通。12月30日，重庆轨道交通1号线延伸段（大学城站至尖顶坡站）、重庆轨道交通2号线南延伸段（新山村站至鱼洞站）、重庆轨道交通6号线五里店站至茶园站段（除江北城站）开通试运营。

2015年2月28日，重庆轨道交通国博线平场站、黄茅坪站开通。6月10日，重庆轨道交通延长线跳磴至江津段（今重庆市郊铁路江跳线）一期工程开工建设。10月26日，重庆轨道交通6号线曹家湾站、重庆轨道交通国博线高义口站开通，重庆轨道交通国博线独立运营。

2016年1月28日，重庆轨道交通6号线江北城站开通。4月，重庆轨道交通3号线重庆北站更名为重庆北站南广场站。9月28日，重庆轨道交通9号线一期工程开工建设。10月28日，重庆轨道交通国博线二期工程、10号线二期工程开工建设。12月28日，重庆轨道交通3号线北延伸段（即重庆轨道交通空港线，碧津站至举人坝站）开通试运营。

2017年12月3日，重庆轨道交通国博线平场站更名为欢乐谷站。12月28日，重庆轨道交通3号线江北机场站更名为江北机场T2航站楼站，重庆轨道交通5号线一期北段园博中心站至大龙山站段、重庆轨道交通10号线一期（鲤鱼池站至王家庄站，除重庆北站南广场站）开通试运营。

2018年12月6日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第三期建设规划（2018~2023年）》，包含重庆轨道交通4号线二期、重庆轨道交通5号线北延伸段、重庆轨道交通5A线（今重庆轨道交通18号线一期）。12月24日，重庆轨道交通5号线一期北段大龙山站至大石坝站段开通试运营。12月28日，重庆轨道交通10号线重庆北站南广场站开通，重庆轨道交通环线东北半环（重庆图书馆站至海峡路站，除天星桥站、南桥寺站、民安大道站、弹子石站、仁济站、上浩站、罗家坝站）、重庆轨道交通4号线一期（民安大道站至唐家沱站，除民安大道站、港城站）开通试运营。

2019年1月11日，重庆轨道交通环线民安大道站、重庆轨道交通4号线民安大道站开通。1月25日，重庆轨道交通4号线二期工程、重庆轨道交通5号线北延伸段工程、重庆轨道交通5A线工程开工建设。4月10日，重庆轨道交通9号线二期工程开工建设。7月1日，重庆轨道交通环线弹子石站、罗家坝站开通。11月29日，重庆市域快线璧山至铜梁线开工建设。12月1日，重庆轨道交通环线沙正街站更名为重庆大学站，重庆轨道交通3号线二塘站更名为重庆交通大学站，重庆轨道交通3号线五公里站更名为重庆工商大学站，重庆轨道交通6号线天生站更名为西南大学站。12月15日，重庆轨道交通环线南桥寺站开通。12月30日，重庆轨道交通环线西南半环（海峡路站至二郎站）、重庆轨道交通1号线尖璧段（尖顶坡站至璧山站）开通试运营。

2020年9月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第四期建设规划（2020~2025年）》，包含重庆轨道交通4号线西延伸段、重庆轨道交通6号线东延伸段、重庆轨道交通7号线一期、重庆轨道交通15号线、重庆轨道交通17号线一期、重庆轨道交通18号线北延伸段、重庆轨道交通24号线一期、重庆轨道交通27号线。9月18日，重庆轨道交通环线和重庆轨道交通4号线互联互通直快列车上线，重庆轨道交通10号线开通快速列车。12月31日，重庆轨道交通1号线一期朝小段（小什字站至朝天门站）、重庆轨道交通国博线二期（悦来站至沙河坝站）开通试运营。

2021年1月20日，重庆轨道交通环线剩余段（二郎站经重庆西站至重庆图书馆站）、重庆轨道交通5号线一期南段（石桥铺站至跳磴站）开通试运营。2月4日，重庆轨道交通环线天星桥站、仁济站开通。3月2日，重庆轨道交通4号线西延伸段工程、重庆轨道交通15号线一期工程、重庆轨道交通18号线北延伸段工程、重庆轨道交通24号线一期工程开工建设。10月，重庆轨道交通15号线二期工程开工建设。11月，重庆轨道交通27号线工程开工建设。12月28日，重庆轨道交通环线、重庆轨道交通4号线、重庆轨道交通5号线三线互联互通直快列车上线。

2022年1月25日，重庆轨道交通9号线一期高滩岩站至兴科大道站段（除邮轮母港站、宝圣湖站）开通试运营。3月，重庆轨道交通6号线东延伸段工程开工建设。6月18日，重庆轨道交通4号线二期（唐家沱站至黄岭站）开通试运营。7月28日，重庆轨道交通9号线宝圣湖站开通。8月6日，重庆市郊铁路江跳线一期（跳磴站至圣泉寺站）开通试运营。9月30日，重庆轨道交通环线、重庆轨道交通1号线与重庆轨道交通9号线的换乘站沙坪坝站开通站内换乘。12月28日，重庆市郊铁路江跳线过江段工程开工建设。

2023年1月18日，重庆轨道交通9号线二期（兴科大道站至花石沟站）、重庆轨道交通10号线二期鲤鱼池站至后堡站段开通试运营。2月27日，重庆轨道交通5号线北延伸段（园博中心站至悦港北路站，除玉河沟站）开通试运营。3月29日，重庆市域铁路永川线工程开工建设。6月17日，重庆轨道交通环线与重庆轨道交通2号线的换乘站谢家湾站开通站内换乘。10月7日，重庆轨道交通环线上浩站、重庆轨道交通4号线港城站开通。同月，重庆轨道交通7号线一期工程、重庆轨道交通17号线一期工程开工建设。11月30日，重庆轨道交通5号线一期中段（大石坝站至石桥铺站）、重庆轨道交通10号线二期后堡站至兰花路站段（除南坪站）开通初期运营，标志着重庆轨道交通5号线贯通运营。同日起，重庆市郊铁路江跳线与重庆轨道交通5号线开行2列贯通列车，贯通列车运营区间为圣泉寺站至石桥铺站。12月28日，重庆轨道交通18号线一期（富华路站至跳磴南站，除歇台子站）开通试运营。

2024年4月14日，重庆轨道交通累计客运量突破100亿人次。6月，重庆轨道交通车站实现5G信号全覆盖。7月19日起，重庆轨道交通开始全线网销售三日票。9月12日，重庆轨道集团与五家运营子公司签约并揭牌。运营子公司正式亮相，开启法人化运营模式。重庆轨道集团第一运营公司负责环线、1号线等运营管理服务工作；第二运营公司负责2号线、10号线等运营管理服务工作；第三运营公司负责3号线运营管理服务工作；第四运营公司负责5号线、6号线、国博线等运营管理服务工作；第五运营公司负责9号线运营管理服务工作。

据2024年1月重庆轨道交通官网信息显示，重庆轨道交通各线路的运营时间如下：

1.重庆轨道交通1号线、2号线、3号线北延伸段（空港线）、4号线、5号线、6号线、9号线、10号线、18号线：起止站的首末车时间为06:30-23:00；

2.重庆轨道交通环线：在国家法定节假日及其前一日起止站的首末车时间为06:30-23:00，其余时间起止站的首末车时间为06:30-22:30；

3.重庆轨道交通3号线：起止站的首末车时间为06:30-22:30，在22:30-23:00期间利用返空车载客的方式延长运营时间，延长运营期间运营区段为起点站（鱼洞站/江北机场T2航站楼站）至龙头寺站；

4.重庆轨道交通4号线、国博线：起止站的首末车时间为06:30-22:30；

5.重庆市郊铁路江跳线：跳磴站（开往圣泉寺站方向）首末车时间为06:30-21:30，圣泉寺站（开往跳磴站方向）首末车时间为06:30-21:10。

璧山云巴线：7:00-10:36

2024年中秋节期间（9月15日~9月17日），重庆轨道交通客运量969.6万人次，日均323.2万人次。3号线、6号线、环线、1号线、9号线的客运量是全线网中的前五名，分别为164.9万人次、153.2万人次、141.6万人次、139.5万人次、80.3万人次，日均客运量分别为54.9万人次、51.1万人次、47.2万人次、46.5万人次、26.8万人次。

重庆市轨道交通（集团）有限公司实施建设和运营管理重庆轨道交通的依据是《重庆市轨道交通条例》及《重庆市轨道交通乘坐规则》（渝交委法〔2012〕6号）。重庆轨道交通的执法单位是重庆市公安局轨道交通分局。

《重庆市轨道交通条例》经重庆市第三届人民代表大会常务委员会第二十三次会议于2011年3月25日通过，自2011年6月1日起施行。《重庆市轨道交通乘坐规则》自2011年9月30日首次颁布施行，2012年由重庆市交通委员会予以修订，自2012年3月16日颁布施行，于2019年1月3日由重庆市交通局进行第二次修订。

2016年1月7日，重庆市人民政府办公厅印发《重庆市城市轨道交通运营突发事件应急预案》，健全了重庆市城市轨道交通运营突发事件应急处置工作机制。

为进一步加强轨道交通运营安全，保护乘客生命财产安全，根据《重庆市消防条例》等相关法规要求，自2024年9月18日6时30分起，重庆轨道交通全线网禁止携带各类电动自行车【指以蓄电池作为能量来源的各类代步车，包括电动自行车(含折叠)、电动平衡车、电动独轮车、电动滑板车等，乘客本人使用的电动轮椅除外】以及电动自行车蓄电池进站乘车。

使用范围：三日票可在重庆轨道交通已运营线路的车站使用。

售价：45元/张。

销售车站：1号线、2号线、3号线、4号线、5号线、6号线、9号线、10号线、环线、国博线、18号线、江跳线，全线网所有车站售票亭处销售。

激活有效期：从售出开始起92天内（含）使用有效；

乘车使用有效期：首次刷进站闸机开始，72小时内不限次数使用。

使用方式：此票卡不记名，不挂失，不退卡，仅供单人使用，出站不回收。

无效卡更换业务原则：票卡仍在激活有效期或乘车使用有效期内，票卡无损坏但无法使用时，可享受无效卡更换业务。

注意：票卡若人为损坏（卡有明显的折痕、弯曲、断裂、打孔、表皮薄膜损坏50％以上、断角等）、超过激活有效期或乘车使用有效期，不享受无效卡更换业务。

重庆轨道交通的导向系统由日本GK设计公司参照日本的山手线制作，乘客所见标志均是在1.65米的高度可视范围内。

周边蓝色导向牌：

在重庆轨道交通车站500米范围内的交叉路口或公交车站等，设置有一个深蓝色的车站位置导向牌。导向牌上有文字说明，显示即将前往的线路、站点以及与车站的距离，沿着引导向牌可找到轨道交通车站出入口。

出入口绿色立牌：

在轨道交通车站的入口处设置有形似绿色棒棒糖的立体标牌，标牌上为重庆轨道交通的标识。

重庆轨道交通实行“里程计价、递远递减”的计程票价，起步价2元、最高票价10元，实行最高票价7元封顶的优惠票价；重庆市郊铁路江跳线单独计价，起步价2元、最高票价9元，实行最高票价7元封顶的优惠票价；重庆轨道交通线路与重庆市郊铁路江跳线换乘时，票价以跳磴站为界实行分段计费，累加计算。乘客每次乘车从入闸到出闸时限为180分钟，超时需按线网最高票价另交全额车费（轨道交通原因导致的除外）；单程票车费不足以支付所到达车站的实际车费时需补交超程车费（轨道交通原因导致的除外）。

1.使用宜居畅通卡（即重庆公交卡）、手机NFC重庆畅通卡、开通电子钱包功能的成人优惠卡，乘车可享单程票价格基础上9折优惠。

2.开通电子钱包功能的学生卡乘车可享受单程票价的5折优惠。

3.年残疾军人、因公致残的人民警察、盲人持有效证件免费乘坐轨道交通。

4.本市行政区域内年满65周岁的老人持有效证件免费乘坐轨道交通；其他一级二级残疾人凭有效证件办理免费卡，凭卡免费乘车；三级四级残疾人凭残疾人证办理爱心优惠卡半价乘车；残疾人携带随身必备的辅助器具应予免费。

5.身高1.3米（含）以下的儿童免费乘坐轨道交通，若为学龄前儿童须有人监护陪同方可免费乘坐轨道交通。

6.乘客持同一张宜居畅通卡使用电子钱包时，在规定时间内可在主城区轨道交通与公共汽车之间实行相互优惠换乘。具体的优惠政策参照相关规定执行。

1.单程票：乘客购买后，限在购票车站站当日1次乘车使用，出闸时回收。单程票仅限单人、单次于车票发售当日限时使用，仅限于购票站进闸，不能挂失。乘客持票超程或超时出闸，需按规定补票。

2.纪念票：根据节日或有纪念意义的活动发行的车票，其使用规则以当次发行票卡规定为准。纪念票售出后不退换，需在规定的有效期内使用，车票不回收、不可挂失。

3.定次票：发行时限定使用次数，在有效期内限单人使用。车票不回收、不挂失、不退票。

4.计期票：发行时限定有效使用期，在有效期内限单人不限乘车次数使用。车票不回收、不挂失、不退票。

5.宜居畅通卡：包括宜居畅通卡普通卡、免费卡（含敬老卡和爱心卡）、爱心优惠卡以及需开通电子钱包功能后才可乘坐轨道交通的学生卡、成人优惠卡等。

6.交通联合：重庆轨道交通支持全国带有“交通联合”标志的公交IC卡（包括Apple Pay）。

7.银行卡：2023年2月6日，重庆轨道交通全线网实现银联闪付卡进站功能，乘客将银行卡置于自动检票机感应区域即可进出站；支持刷卡进出站的银行卡需为具备闪付功能的银联IC借记卡、信用卡，并已开通支持免密免签和预授权；卡内余额需不低于21元方可进站。

8.扫码过闸：2019年12月30日，重庆轨道交通全线网实现移动支付扫码过闸，支持渝畅行APP、支付宝、微信支付、云闪付四种支付方式，其中支付宝、微信、云闪付的乘车码兼具重庆轨道交通与重庆市常规公交的支付功能。

9.手机NFC：华为、小米、OPPO、vivo、魅族、一加等手机品牌部分机型可开通NFC重庆畅通卡；此外，乘客也可通过手机NFC绑定具备闪付功能的银行卡。

2019年6月30日，重庆轨道交通全线网实现支付宝、微信扫码购票。8月23日，重庆轨道交通全线网实现云闪付、中国银行手机APP购票。

移动支付可通过以下三种方式实现：一是人工售票，乘客在人工售票亭购票时，向工作人员展示微信、支付宝等APP的付款码，由工作人员持扫码枪扫码完成购票；二是自动售票机售票，乘客在购票界面中，先选择购票站点以及张数，再选择扫码支付；三是乘客使用手机支付软件并打开“扫一扫”功能，扫描自动售票机界面中的二维码，在APP中点击“确认支付”按钮。支付成功后，自动售票机开始发售单程票，乘客取走车票即可。

2020年7月27日，重庆轨道交通与成都地铁的乘车二维码实现互联互通。

2021年4月22日，重庆轨道交通与上海地铁、广州地铁的乘车二维码实现互联互通。8月1日，重庆轨道交通与北京地铁的乘车二维码实现互联互通。

2022年9月9日，重庆轨道交通与天津轨道交通的乘车二维码实现互联互通。

2023年7月1日，重庆轨道交通与南昌地铁的乘车二维码实现互联互通。

2024年1月5日，重庆轨道交通与郑州地铁的乘车二维码实现互联互通。

根据《重庆市轨道交通客运服务标志设置标准》，重庆市轨道交通客运服务标志采用的颜色以潘通色卡为标准。其中，引导进站或换乘的标志基色应采用白色或线路识别色，引导出站的标志基色应采用黄色，确认设备设施位置的标志基色应采用灰色；白色为：PANTONE WHITE，黄色为：PANTONE 012C，灰色为：PANTONE 432C；各线路使用相应的线路识别色，如下表所示。

2020年6月18日，重庆轨道交通发布吉祥物“丹丹”（单轨谐音）、“迪迪”（地铁谐音），分别代表重庆轨道交通两种不同的制式：单轨和地铁。

《都市热报》创办于2011年12月22日，由重庆日报和重庆市轨道交通（集团）有限公司联合主办，重庆晚报编辑出版的新闻报刊，每日晨间在重庆轨道交通各大车站免费派送，实行“进站免费领取、出站回收”的模式。

2023年1月3日，《重庆晚报》在重庆轨道交通全线网发行。

截至2023年12月，重庆轨道交通共规划32条轨道交通线路，总长1812千米；其中中心城区“1环23线”，总长1312千米；主城新区8条线路，总长500余千米。

重庆轨道交通建设近年成绩很大，城市轨道穿山越岭、跨越两江，穿梭在街巷和楼宇间，成为独具特色的风景线和城市“名片”，更是助推发展、便民利民的“快车道”。（《重庆日报》 评）

2024年7月15日，重庆交通开投轨道集团介绍，随着重庆气温不断升高，轨道交通车站的纳凉区也随之开放，2024年，重庆轨道交通运营单位在有条件的地下车站设置了140个纳凉区，与2023年相比，新增13个。