康熙二十九年三月，山东道御史徐树谷奏请纂修太祖、太宗、世祖“三朝国史”，得到清圣祖的批准。四月，正式开设国史馆，地点就设在武英殿东西廊房。由此，拉开清朝修史的长卷，当时大学士王熙为监修总裁官，设总裁、副总裁、满汉纂修官、提调、收掌、誊录、翻译等官员。康熙朝的国史馆前后开设了二十余年，主要为开国功臣作传。

雍正元年（1723年）十一月，另派纂修官，重开国史馆，以弥补康熙朝有功诸臣列传的不足，因建置和工作机制的原因，纂修国史的成绩不够理想。

乾隆元年（1736年）三月，议准礼部左侍郎徐元梦的奏请，续修国史。这次纂修国史，实际以编撰太祖至世宗的“五朝本纪”为主，乾隆十四年十二月，五朝国史编成，国史馆再次关闭、停止修史活动。这一时期，国史馆初步修成天文、时宪、地理、舆服、卫、礼、乐、兵、刑法、职官、选举、食货、河渠、艺文等十四志；编辑了顺治元年（1644年）至乾隆九年的《皇清奏议》，可谓成绩初显。