2018年12月起，任中国中医科学院院长、中国中医科学院研究生院院长。

2019年12月起，兼任中国中医科学院党委副书记。

2021年8月，任国家中医药管理局副局长。

黄璐琦作为中国中药资源普查试点工作专家指导组组长，牵头编制了《全国中药资源普查技术规范》，组织实施第四次全国中药资源普查试点工作；提出并发展了“分子生药学”和道地药材形成的理论；建立了珍稀濒危常用中药资源五种保护模式和中药材鉴别新方法，使分子鉴别方法首次收载于国家药典。

截至2020年7月，黄璐琦在中国国内外一级刊物发表论文500余篇，主编著作17部。

1.黄璐琦,等.第四次全国中药资源普查方案设计与实施[J].中国中药杂志,2013(05):625-628.

2.黄璐琦,等.中药资源发展的趋势探讨[J].中国中药杂志,2011(01):1-4.

3.黄璐琦,等.合成生物学在中药资源可持续利用研究中的应用[J].药学学报,2014(01):37-43.

4.黄璐琦,等.双分子标记法的构建及在中药研究中的应用[J].中国中药杂志,2015(02):165-168.

5.黄璐琦,等.中药分子鉴定发展中的若干问题探讨[J].中国中药杂志,2014(19):3663-3667.

6.黄璐琦,等.系统生物学方法在药用植物次生代谢产物研究中的应用[J].中国中药杂志,2010(01):8-12.

7.黄璐琦,等.道地药材形成的分子机制及其遗传基础[J].中国中药杂志,2008(20):2303-2308.

8.黄璐琦,等.环境胁迫下次生代谢产物的积累及道地药材的形成[J].中国中药杂志,2007(04):277-280.

9.黄璐琦,等.中药材道地性研究的现代生物学基础及模式假说[J].中国中药杂志,2004(06):5-7+121.

截至2020年7月，黄璐琦获国家科学技术进步二等奖4项（第一完成人3项，第二完成人1项），获国家发明专利11项。

黄璐琦对学生有几点要求，首先是孝敬父母，每年春节前，他都给每位学生买只烤鸭带回家，作为送给家长的礼物；其次，他要求学生要有举一反三的能力。此外，他的实验室集结了几十位不同学科背景、不同学历、不同年龄段的成员。空闲的时候，他开办了“分子生药学”暑期班，招收有兴趣的人，给他们免费做关于“分子生药学”的培训。对于自己的研究，黄璐琦并不满足，他希望有更多的人能够和他一样，在中药学研究道路上一直走下去。

黄璐琦还曾获全国优秀博士学位论文指导教师的荣誉。截至2020年7月，他培养硕士、博士研究生80余名。

黄璐琦的母亲金青是新安医学学派的传承人，是家乡当地有名的中医。那时候，他觉得医生很崇高，为母亲是一名中医感到自豪。他儿时的理想是当一名科学家。1985年高考填报志愿时，父亲希望他学建筑，因为家里已经有一个学医的姐姐了，他就在志愿表上填写了同济大学建筑学专业，可是反而被调剂到江西中医学院中药专业。大学时，他曾师从生药学专家楼之岑院士、诚静容先生和乐崇熙研究员。求学期间，黄璐琦专注于栝楼属植物的研究，常常为了实地考察只身一人进入深山老林。

黄璐琦的心间一直挂着“继承与发展”这个理念，他坚持以中医理论为指导，他努力尝试把各个领域的知识引入到中医中药。对分子生药学的研究，他一坚持就是近20年。（人民网评）

黄璐琦在学生们的印象中，经常是实验室里来得最早、走得最晚的，有时还会忙碌到将近深夜时分。做他的学生，有压力更是动力。（《中国中医药报》评）

多年来，黄璐琦对照李时珍的事迹践行着，在科研的路上知难而进，迎难而上。　“一份耕耘，一份收获”，黄璐琦和他的团队深谙此道，以心践之，致力于中药资源研究和保护。（《中华儿女》评）