他和张之洞的得意门生时任四品军机章京的杨锐是生死之交的好友，他们俩当时同在京城办差。光绪帝实行维新变法失败后，清末维新派，变法六君子的杨锐，谭嗣同，林旭，刘光第，杨深秀，康广仁等人均被慈禧太后处斩。十日后杨锐的尸身由好友黄尚毅运回四川绵竹杨锐的老家安葬。黄尚毅回到四川绵竹后先后担任绵竹县立中学首任校长和四川省立第二女子师范学校第八任校长，绵竹贡拔，绵竹儒学训导，乐至儒学训导等职。先后撰写绵竹县志，北川县志。著有《绵竹县志》、《杨叔峤先生事略》。