1、开国政策与“攘夷”派之间的矛盾。

在倒幕运动时期，维新派以“尊王攘夷”为纲领，斥责幕府的开国行为是违背天皇意志的悖逆行为。然而在明治政府提出的维新政策中，第三条明文规定“求知识于世界，大振皇基”。

在攘夷派看来，开国政策背叛了以往道路，不止要讨伐夷狄，更要追究政府的责任。他们采取暗杀来清除政府内的开国派。

与此同时，开国与对外贸易，不平等交换造成了贵金属短缺，而贵金属短缺又引起物价上涨，使得民众生活水平下降。这使得从武士、农民到市民，整个社会都蔓延着仇视外国人和开国政策的不满情绪。在后来的叛乱过程中，也多有攘夷派参与。

2、征兵制、秩禄处分与士族生存危机。

如果说开国只是在精神层面上刺激了士族，那么征兵制和秩禄处分则从物质方面使士族的生存发生了严重危机。这也是西南战争的主因之一。

在废藩置县后，明治政府即开始兵权归一、军务归一的改革，组建镇台，重新编制政府常备军，解散各藩藩兵，完成军队国家化。大量的藩兵在此过程中被迫退伍回家，从军士族大大减少，士族的出路越来越窄。

以鹿儿岛县（原萨摩藩）为例，原藩常备军共计步兵16467人，炮兵511人，其他（辎重、骑兵）1190人。而取代旧藩兵的熊本镇台鹿儿岛分营，共计常备军四个大队，兵员不超过4620人，规模大大缩小。

明治五年十一月（1872年12月），政府下达的《征兵诏书》和《征兵谕告》剥夺了士族引以为荣的当兵特权，虽然退伍回乡军士可拿到一笔遣散费，但仍然引起了士族不满，明治六年的福冈士族暴动就是一例。

世代继承的家禄是士族的根本特权之一，明治政府在成立之初虽有想法，但由于涉及到士族根本的生计问题不得不谨慎处理。在旧幕府时代，家禄与“奉公”联系在一起，奉公是履行对领主的封建义务，承担一定的工作，而家禄则是领主对此给予的权利，两者互相依存。家禄世代继承，工作职务也世代继承。但在废藩置县后，旧的藩政不复存在，士族们自然丧失了奉公的对象，而此时就形成了单方面领取家禄却不承担义务的局面。

另外，虽然士族的俸禄已被削减，但仍占政府年度支出的20-30%（明治六年，政府的地租收入6000万日元，而家禄支出达1804万日元），是政府支出中最大的一块，使政府运转明显不灵。政府内部对一年白白支出近2000万日元的家禄意见极大，从四民平等和改善财政的角度要求处分家禄。

明治九年(1876年)八月，政府断然实行“金禄公债”制度，彻底废除士族家禄。虽然士族们得到了一笔抵偿金，但大多数人特别是下层士族，都因不善经营而破产，最终沦为劳动力市场上待价而沽的赤贫者。士族们丧失了一切物质上的特权，他们急需维持生计的出路，而他们当中有一部分人不甘与平民为伍出卖劳动力，那么剩下的途径只有将危机向海外转移，加强军备，进行军事扩张，将士族们的愤懑和不满引向海外。

“征韩论”在日本由来已久，早在江户时期，部分日本学者就开始歪曲历史，声称朝鲜历来是臣服于日本的，因此日本可以予取予夺。到了幕末，日本就有人提出向海外用兵，获得与列强对峙的资本，而朝鲜自然而然成为首当其冲的目标。

而在政府内部，形成了以西乡隆盛为首的征韩派和以大久保利通为首的内治派，其实对于征韩问题，两派并不二致，都认为必须对朝鲜发动战争。而不同点在于：西乡派要求立刻遣使，以获得开战的借口；而大久保认为遣使就是立即开战，而日本实力尚且虚弱，维新成果还未巩固，当下不是开战的时机。西乡派其主要着眼于当前的士族问题，要利用对外战争转移国内矛盾；而大久保派则从长远考虑，谋求渐进式扩张，避免第三国干涉。

明治六年（1873年10月23日），天皇以敕书形式宣布采纳代理太政大臣岩仓具视的意见，推翻了西乡征韩一事。同日，以西乡为首的“征韩五参议”下野。

明治政府逐步废除士族特权，本就引发了士族的不满，而对外战争暂时被否决，向海外转嫁危机的途径也被堵死，士族宣泄不满的途径就剩下反对明治政府一条路了。而西乡和近卫军官们的下野，使不满的士族们有了精神领袖和实战指挥官，让不平士族们的基层和高层得以结合，时局发展到这一步，西南战争已是不可避免了。

明治六年，西乡隆盛因为“征韩论”不被接纳而且和右大臣岩仓具视等政府要员不和，愤而辞官回乡。当时出身自萨摩藩的新政府军官及士兵们也追随西乡隆盛相继辞官返回鹿儿岛，例如陆军少将桐野利秋、篠原国干等。

表面上回到鹿儿岛的西乡隆盛已不理政事，过着耕种、捕鱼、打猎的乡间生活，实际在西乡隆盛心中仍然记挂着国家，他极为不满明治政府的种种政策，一直认为政府必须进行改革。

明治七年（1874年）一月，岩仓具视在赤违被一班不满士族袭击受伤。二月，第一次大规模不满士族举兵发生，旧佐贺藩藩士江藤新平发动反政府叛乱，他也是因为“征韩论”失败后辞官返回佐贺的。同时明治政府开始进行“台湾征讨”计划，自西乡隆盛离开政府后，国内外出现了那么多重大问题，国家开始走入混乱时期。

六月，西乡隆盛为了追随他而回乡的一班青年建立教育机关，于是在萨摩藩的旧居城、鹤丸城设立私立军校包括炮队学校，枪队学校等。

一般认为，设立私立军校的目是为了防范欧美列强的入侵，西乡隆盛最担心的就是俄国的野心。其次，西乡隆盛眼见明治政府日渐腐败又不肯改革，心想各地的不满士族必会发起叛乱，到时必须要有一支强而有力的军队再次进行革命。

明治九年（1876年），因为废刀令、停止家禄等政策，各地不断发生不满士族的叛乱。

十月二十四日，熊本县士族太田黑伴雄发起的“神风连之乱”。

二十七日，有福冈县的“秋月之乱”。

二十八日，又有山口县前原一诚发起的“萩之乱”，反政府运动频频发生，西乡隆盛并没有因此而乘时举兵。

但明治政府担心这支由讨幕时最强战力的旧萨摩藩士族所组成的军队，于是大久保利通派遣鹿儿岛出身的中原尚雄等23名密探到鹿儿岛，侦查私立军校的情况及西乡隆盛等人的意图，并计划暗杀西乡隆盛。

为了削弱萨摩藩士族的军力，明治政府打算把鹿儿岛的陆军火药库里储存的武器、弹药运送到大阪，但是这些举动被一批激进的私立军校学生得知。

明治十年（1877年）一月三十一日夜，军校学生袭击鹿儿岛草牟田陆军火药库，不久矶集成馆、上之原等的火药库也遭到袭击，鹿儿岛市内亦有多处被放火，骚乱一发不可收拾，当时西乡隆盛正在大隈半岛的小根占打猎，得知此事后，虽然明白不是举兵的时刻，但是眼见那班年轻学生被捕，政府的行动，西乡隆盛只好乘势举兵反抗政府，当时萨摩军有12000人，还有来自九州各地的不满士族合计4万多人。

明治十年（1877年）2月，旧萨摩藩士族推举西乡隆盛为首领，发动反政府的武装叛乱，萨军编为七个大队，共计3万余人。

在2月13日正式举兵以前的2月6日，萨军就召开了一次作战会议，会上否决了西乡隆盛之弟西乡小兵卫提出的占领长崎以保证物资供应、阻止官军从水路攻击，并再趁熊本镇台援救长崎时占领熊本，以期完全控制九州的提案，直接强攻熊本城。

明治政府方面对叛乱也有所防备，2月6日，陆军卿山县有朋就密令熊本镇台防备鹿儿岛暴动，12日又与伊藤博文（时任政府参议、工部卿）、川村纯义（时任海军大辅）进一步商议出兵，经太政大臣三条实美同意后进行了编制讨伐部队的准备。

19日明治天皇颁布敕令，正式组成了由两个旅团编成的“征讨军团”，任命有栖川宫炽仁亲王为征讨总督，山县有朋陆军中将、黑田清隆陆军中将、川村纯义海军中将任参军。后征讨军团增至8个旅团，总计有步兵55个大队，炮兵6个大队，工兵1个大队，另有辎重兵、骑兵和其他部队，合计58858人。海军出动19艘军舰，兵员2280人。

2月21日与23日的熊本攻略战中萨军受挫，于是决定分兵包围熊本，在此期间政府军已逐渐完成出兵准备。在熊本外围，萨军警戒部队与从小仓来援的第14联队（代理联队长乃木希典少佐）在植木、木叶一带爆发遭遇战，结果政府军战败，联队旗被夺。

以三千人包围熊本后，萨军开始北上，企图控制马关和长崎，然而此时政府军两个旅团已经从福冈南下，25-27日，政府军与萨军于高濑展开激战，萨军败绩。

3月，双方又进行了吉次、田原坂两次交战，双方的损失都接近各自兵力的四成，这个比例是相当高的。同时物资消耗也十分惊人，政府军平均每天消耗子弹322500发，炮弹1000发以上；而萨军每日消耗子弹也达数万发。

早在三月初田原坂战役仍在进行的时候，政府军便又编成了“背后冲击军”，该部队在熊本以南的日奈久、八代登陆，萨军陷入了腹背受敌的局面。同日，萨军全线撤退，政府军跟踪追击，政府军于是亦解了熊本之围。政府军6月占人吉，7月克都城，8月取延冈。

明治十年（1877年）政府军9月追至西乡叛军的巢穴鹿儿岛城山，经过23天的围城战斗，城山被政府军攻破。

明治十年（1877年）九月二十四日，西乡隆盛向在本营的洞窟前排列的官兵发出“冒死前进”的命令。于是萨摩军冒着枪林弹雨向前冲，可是一个一个被政府军的子弹打倒，西乡隆盛的肩及右膝也中弹，不能步行，西乡中弹后“徐徐跪坐，俨然正襟，向东遥拜”，最后命令身旁的别府晋介把自己了结，别府晋介只好流着泪大声叫道：“ごめんやったもんせ。(对不起了)”把西乡隆盛的首级砍下，终结了西乡隆盛一生，也终结了这场战争。

西南战争是倒幕运动的尾声，也是日本资产阶级革命余波。随着倒幕派中大资产阶级、贵族与幕府封建地主阶级的妥协，天皇迁都幕府势力的江户。资本主义势力最强大的西南诸藩与东迁的中央政权矛盾也开始加剧，围绕如何建立日本国体，军事制度的对立使大批萨摩、长州、土佐等西南藩官员辞职，西乡隆盛领导的下级士族起义代表了小生产者、小资产阶级的利益，他们与资产阶级的民权派、激进派关系密切。也是主张发展资本主义，反对大地主和大资产阶级，有浓厚的民族主义情绪。西南战争失败后，由天皇操纵、主导政权的封建军国主义国家建立，标志着日本资本主义革命的结束。

从军事角度来说，首先这场战争是国民军队的胜利，它检验了明治军事改革的成果，证明了建设“四民皆兵”的国民军队的正确性和意义。不过萨军基层由于接受过正规严格的近代西方式军事训练，而且的确富有勇气，是相当善战的。这场战争与其说是士族军队的失败，还不如说是士族的失败。通过这场战争证明，士族作为旧的历史时代产物，已经过时了。

其次，这场战争对于日本的军事近代化也具有重大意义。主要表现通过这场战争，以六大镇台为核心的政府军得到了有效锻炼，其所进行的海上机动，迂回敌后等行动，体现了较高的战役指挥能力。而在单兵作战和小分队作战上，萨军则高出一筹，其勇敢善战，敢于以小股兵力实行果断的行动，都给政府军好好地上了一课。经过此战，日军将以上两点结合起来，并加以侵略扩张的野心，对东亚各国构成了严重威胁。另外，日本军方通过此战也认识到，旧幕府时代造成了兵器规格杂乱所带来的种种问题，开始着手统一装备，简化后勤，并开始兵器国产化进程，著名的日本步枪之祖-村田式步枪就是此战催生的。

第三，萨军的失败除了最主要的人力、物力不济外，指挥低劣也有一大重要问题，尤其在开战之初，指导方针的严重错误非常致命。其过于重视一城一地的得失，在熊本城下浪费了太多时间。若能按西乡小兵卫所言，在政府军来到之前占领长崎、小仓、福冈等港口，就将严重地限制政府军向九州投送兵力的能力。