“衍圣公”爵号问世后，女真人、蒙古人争相窃取借以笼络人心。公元12世纪宋、金、元政权各拥“衍圣公”，一在衢州、一在开封、一在曲阜。宋崇宁三年（1104年），诏宣议郎孔端友袭封奉圣公（大观年间（1107年—1110年）复改封衍圣公），为通直郎、直秘阁，仍许就任关升，以示崇奖。宋高宗绍兴二年（1132年），以四十九代孙孔玠袭封衍圣公。其后，以搢、以文远、以万春、以洙，终宋世，皆袭封主祀事。13世纪元王朝统一中国版图后，蒙古族统治者试图收买宋衍圣公孔洙，孔洙运用儒家智慧全身而退。14世纪初元仁宗恢复曲阜孔氏嫡长孙袭封衍圣公爵号，确认“以嫡应袭封者思晦也”。（《元史·列传·孔思晦》）明王朝、清王朝均沿用此封号。

也是从孔端友以后，由于宋金元三朝并起纷争，使得孔子后裔册封出现了南宗和北宗。北宋后期，女真族南下，赵构渡江于临安建立了南宋政权。孔端友于建炎二年（公元1128年）随高宗南迁，遂寓于衢州（今浙江省衢州），是为南宗。其后南宗袭封衍圣公的有孔玠、孔搢、孔文远、孔万春、孔洙等人。

宋廷南迁后，刘豫建立了伪齐政权，于阜昌三年（公元1132年）封孔端友的弟弟孔端操之子孔璠为衍圣公，主持曲阜孔庙祀事。伪齐政权被推翻后，金熙宗于天眷三年（公元1140年）继封孔璠为衍圣公，其后有孔拯、孔摠、孔元措等袭封衍圣公，是为北宗。

后因蒙古族起兵南下，孔元措随金政权迁往汴京，曲阜孔庙则由其族兄孔元用主持祀事。蒙古族占领曲阜，先后以孔元用、孔之全父子为衍圣公。这样，宋金元三朝并起，各有一个衍圣公。元太宗五年（公元1233年），蒙古骑兵攻下金汴都，金封衍圣公孔元措被元政权所得，仍封孔元措为衍圣公，而改封孔之全止充曲阜令。北宗孔元措无子，由其弟孔元綋的孙子孔浈为嗣。孔浈于元宪宗元年（公元1251年）袭封衍圣公。后来，元政权先前所封衍圣公曲阜令孔之全之子孔治率孔氏族人上书皇帝，言孔浈不修祖祀，且非孔氏之宗，而系孔元綋的儿子孔之固侧室所生，且生母早已改嫁驱口李氏，孔浈曾随李氏姓李，不可为孔氏宗。宪宗二年（公元1252年）皇帝下诏免去孔浈衍圣公封号。其后相当一个时期没有任命新的衍圣公。公元1279年，南宋灭亡后，宋所封衍圣公五十二世孙孔洙国子监祭酒、承务郎兼提举浙东学校事，赐护持林庙玺书，免去衍圣公封号。

此时，南北宗的衍圣公均被免职，十余年后，元成宗元贞元年（公元1295年）因孔之全长子孔治权奉祀事三十余年而奉诏袭封衍圣公。结束了长达一百多年的双宗并立。元仁宗延祐二年（公元1315年），孔氏族人又上书皇帝，说孔治之子孔思诚是庶支。仁宗皇帝派大臣元明善调查，并亲取孔氏族谱查考，确定宗子继承人应该是孔思晦。孔思晦和孔思诚均为四十五代孔宗愿三子孔若愚的七世孙，孔思晦是四十九代孙孔拂长子孔元孝的嫡长孙，孔思诚是孔拂次子孔元用的嫡长孙，因此，元仁宗于延祐三年（公元1316年）罢黜孔思诚而以孔思晦袭封衍圣公，并授阶为中议大夫，列正四品。从此，衍圣公之位在此一脉中延续。

清顺治元年（公元1644年），清世祖承认衍圣公在明代享受的全部特权，六十四代衍圣公孔衍植仍任衍圣公加太子太傅。朝见时衍圣公仍列内阁大臣之上。

衍圣公与朝廷的密切关系，到乾隆时期达到巅峰，乾隆帝曾多次来曲阜，并颁御书“与天地参”、“时中立极”、“化成悠久”等匾额，重建棂星门，易木为石。对于乾隆帝与孔府的关系密切，多有猜测，包括七十一代衍圣公孔宪培的一品夫人于氏（无后），与乾隆帝关系密切，孔府盛传于氏为乾隆帝之女。据考证，乃乾隆帝义女（官臣于敏中之女）。后于道光年间于孔府东路建有于氏的祭祀专祠沐恩堂。于敏中被罢官后，其后裔也多寄居孔府。

第七十六代衍圣公孔令贻，是倒数第二代衍圣公，他倍受皇恩。在京为慈禧太后祝寿时，赏戴双眼花翎；清宣统二年（公元1910年）又赏穿带嗉貂褂。民国二年（公元1913年），袁世凯下令所有衍圣公暨配祀贤哲后裔所受清代的荣典一切照旧，颁给衍圣公孔令贻一等大绶宝光嘉禾章。孔令贻于1919年病逝北京，1920年2月其遗腹子孔德成出生，4月大总统令孔德成袭封衍圣公。民国二十四年（公元1935年），民国政府令孔子嫡系裔孙改任大成至圣先师奉祀官。至此，延续了八百多年的衍圣公封号被废除。

46代孔宗愿，字子庄，宋宝元二年（1039年）袭文宣公，至和二年（1055年）改封衍圣公，孔延泽（孔宜次子，孔宜长子孔延世之弟）子、孔圣祐（孔延世子，无后）从弟

47代孔若蒙，字公明，宋熙宁元年（1068年）袭衍圣公，元祐元年（1086年）改封奉圣公，授承奉郎，后废，孔宗愿长子

47代孔若虚，字公实，宋元符元年（1098年）袭奉圣公，孔宗愿次子

48代孔端友，字子交，宋崇宁三年（1104年）袭奉圣公，授朝奉郎、直秘阁，宋大观年间（1107年—1110年）复改封衍圣公，1128年南渡，孔若蒙长子，无后

49代孔玠，字锡老，宋绍兴二年（1132年）袭衍圣公，南宗，孔端操（孔若蒙次子，孔端友之弟）长子

49代孔璠，字文老，伪齐阜昌三年（1132年）封衍圣公，金天眷三年（1140年）封衍圣公，未袭，1140年卒，北宗，孔端操（孔若蒙次子，孔端友之弟）次子

50代孔搢，字季绅，宋绍兴二十四年（1154年）袭衍圣公，南宗，孔玠子

50代孔拯，字元济，金皇统二年（1142年）袭衍圣公，授文林郎，北宗，孔璠长子，无后

50代孔摠，字元会，金大定三年（1163年）袭衍圣公，兼曲阜县令，北宗，又名孔詌，孔璠次子

51代孔文远，字绍先，宋绍熙四年（1193年）袭衍圣公，南宗，孔搢子

51代孔元措，字梦得，金明昌二年（1191年）袭衍圣公，随金迁汴京，蒙古太宗五年（1233年）封衍圣公，北宗，孔摠长子，无后

51代孔元用，字俊卿，蒙古太祖十五年（1220年）封衍圣公，蒙古太祖二十一年（1226年）罢，北宗，孔拂次子、孔琥孙、孔端立的曾孙、孔若愚（孔宗愿第三子，孔若蒙、孔若虚之弟）的玄孙、孔宗愿的第5世孙

52代孔万春，字耆年，宋宝庆二年（1226年）袭衍圣公，南宗，孔文远子

52代孔之全，字工叔，蒙古太祖二十一年（1226年）封衍圣公，蒙古太宗五年（1233年）罢，专任曲阜县令，北宗，孔元用子

53代孔洙，字景清，宋绍定四年（1231年）袭衍圣公，1282年让位，南宗，孔万春子

53代孔浈，字昭度，蒙古宪宗元年（1251年）袭衍圣公，次年（1252年）免，北宗，孔之固子、孔元紘（孔摠次子，孔元措之弟）孙

53代孔治，字世安，元元贞元年（1295年）封衍圣公，孔之全子

54代孔思诚，字致道，元大德十一年（1307年）袭衍圣公，1316年罢，孔治子

54代孔思晦，字明道，元延祐三年（1316年）封衍圣公，孔浣子、孔之厚孙、孔元孝（孔拂长子，孔元用之兄）的曾孙、孔拂的玄孙

55代孔克坚，字璟夫，元至元六年（1340年）袭衍圣公，孔思晦子

56代孔希学，字士行，元至正十五年（1355年）袭衍圣公，明洪武元年（1368年）封衍圣公，孔克坚子

57代孔讷，字言伯，明洪武十七年（1384年）袭衍圣公，正一品，班列群臣之首，孔希学子

58代孔公鉴 字昭文，明建文二年（1400年）袭衍圣公，孔讷子

59代孔彦缙，字朝绅，明永乐八年（1410年）袭衍圣公，孔公鉴子

60代孔承庆，字永祚，早卒，明景泰六年（1455年）追赠衍圣公，孔彦缙子

61代孔宏绪，字以敬，明景泰六年（1455年）袭衍圣公，后废，孔承庆长子

61代孔宏泰，字以和，明成化六年（1470年）袭衍圣公，孔承庆次子

62代孔闻韶，字知德，明弘治十六年（1503年）袭衍圣公，孔宏绪子

63代孔贞干，字用济，明嘉靖二十五年（1546年）袭衍圣公，孔闻韶长子

64代孔尚贤，字象之，明嘉靖三十五年（1556年）袭衍圣公，孔贞干子，无后

65代孔衍植，字懋甲，明天启元年（1621年）袭衍圣公，清顺治元年（1644年）十月二日封衍圣公，孔尚坦子、孔贞宁（孔闻韶次子，孔贞干之弟）孙、孔闻韶的曾孙、孔宏绪的玄孙

66代孔兴燮，字起吕，清顺治五年（1648年）袭衍圣公，孔衍植子

67代孔毓圻，字钟在，清康熙六年（1667年）袭衍圣公，孔兴燮子

68代孔传铎，字振路，清雍正元年（1723年）袭衍圣公，孔毓圻子

69代孔继濩，字体和，早卒，清雍正十三年（1735年）追赠衍圣公，孔传铎子

70代孔广棨，字京立，清雍正九年（1731年）袭衍圣公，孔继濩子

71代孔昭焕，字显文，清乾隆九年（1744年）袭衍圣公，孔广棨子

72代孔宪培，字养元，清乾隆四十七年（1782年）袭衍圣公，孔昭焕长子，无后

73代孔庆镕，字陶甫，清乾隆五十八年（1793年）袭衍圣公，孔宪增（孔昭焕次子，孔宪培之弟）子

74代孔繁灏，字文渊，清道光二十二年（1842年）袭衍圣公，孔庆镕子

75代孔祥珂，字觐堂，清同治二年（1863年）袭衍圣公，孔繁灏子

76代孔令贻，字谷孙，清光绪三年（1877年）袭衍圣公，民国二年（1913年）封衍圣公，孔祥珂子

77代孔德成，字玉汝，民国九年（1920年）袭衍圣公，民国二十四年（1935年）改称大成至圣先师奉祀官。