1978年，出任埃及民族民主党副主席。1980年5月兼任该党总书记。

1981年10月，穆巴拉克当选为埃及第4任总统，任期6年，并兼总理和武装部队最高统帅。

1982年1月，穆巴拉克当辞去总理一职，并当选为执政的民族民主党主席。

1987年10月，穆巴拉克蝉联总统。

1989年7月，穆巴拉克担任第25届非洲统一组织执行主席。

1993年10月，穆巴拉克当选为总统。

1998年7月，穆巴拉克再次当选民族民主党主席。

1999年10月，穆巴拉克再次当选为总统。

2005年9月，穆巴拉克第五次当选埃及总统，于当年9月27日宣誓就职。

2009年7月，穆巴拉克在第15届不结盟运动首脑会议上当选为不结盟运动主席。

2011年1月25日，首都开罗和多个省份爆发反政府示威，部分地区发生警方与示威者冲突；2月10日，穆巴拉克发表电视讲话，宣布根据宪法会将部分权利移交给副总统苏莱曼，但他本人不会辞去总统一职。

2020年2月25日，穆巴拉克在埃及首都开罗一家军事医院去世，享年91岁。埃及总统府当天宣布，26日起举行为期三天的全国哀悼。

为了稳定埃及国内局势，穆巴拉克在振兴经济的同时还进行了政治改革。他审时度势，深刻认识到在民主的道路上裹足不前或向后倒退都是不可取的，这样不仅会失去西方的支持和援助，而且会丧失民心。穆巴拉克决心塑造自己“民主总统”的形象。

在政治方面，他强调法律的作用，要求所有人都应守法，同时又采取刚柔相济的方针，对大批政治犯和原教旨主义分子宽容处理，但对敌对分子尤其是伊斯兰原教旨主义极端分子则给予坚决打击。

穆巴拉克采取的这些措施收到了一定效果，稳定了国内政局。进入20世纪90年代，他又采取一些民主化措施，坚决打击恐怖主义活动，解决了执政党与反对党之间的长期司法纠纷，国内的各种矛盾有所缓和。

1981年12月，穆巴拉克释放了9月大逮捕中抓捕的所有囚犯，并在总统府接见刚释放的反对派领导人，向他们表达要求合作、共同推进民主政治的愿望。他注意听取反对派的意见，为反对派在议会中提供发表言论的机会，吸收100多名反对派人士加入人民议会。在宽容的同时，穆巴拉克严厉镇压搞颠覆破坏和恐怖活动的极端分子。穆巴拉克上台后，安全部门迅速逮捕了350名伊斯兰好斗分子，其中包括新圣战组织的所有领导人和刺杀萨达特的杀手。根据对凶手的审讯结果，穆巴拉克从武装部队中清除了30多名军官和100多名士兵。

1982年9月，新圣战组织策划劫狱和劫机，埃及政府下令先后两次搜捕该组织的成员。

1983年11月，政府义逮捕了赎罪与迁徙组织的35名嫌疑犯。这些镇压措施有效遏制了宗教极端势力的暴力活动，使他们在20世纪80年代前期处于相对沉寂。埃及的社会治安状况大有好转。

穆巴拉克还开放党禁，允许成立新的政党。这些政党数量由1981年的4个增加到2001年的20个。这些政党都获得当局的承认，成为合法政党。各政党有权自由办报，发表不同政见，抨击政府政策。穆巴拉克还经常会见反对党领袖，同他们就经济政策、民主进程、外交关系等问题广泛交换意见。在反对党的强烈要求下，穆巴拉克政府修改了《监管和软禁法》，削弱了有权解散某个政党和阻止某人从事政治活动的社会主义检察长的权力；同意司法机构监督2000年大选的全过程；取消主要审判政治犯的国家安全法院；成立审视埃及人权状况的全国人权委员会；改变政党事务委员会的人员结构；宣布总统的产生由原先的议会提名、全民公决改为有多名候选人参加、由选民直接投票选举。

穆巴拉克时代的政党活动仍然受到《政党法》、《紧急状态法》和政党事务委员会的种种限制。因此穆巴拉克时代的多党制仍是有限的。

穆巴拉克接任总统时，面临着严峻、困难的国内局势。经济不景气，通货膨胀严重，债台高筑，贪污盛行，腐败成风，社会治安恶化，暴力事件不断，恐怖活动猖獗。为了稳定国内政局，在进行政治改革的同时，把工作重心转移到国内经济建设上来。

穆巴拉克上台后，立即召开由经济学家、金融界和企业界人士参加的经济大会，研究振兴经济问题。他吸取了纳赛尔时代国有化经济和萨达特时代自由开放经济两方面的深刻教训，在坚持开放政策的同时，提出对外开放必须有利于埃及的经济发展，努力改变埃及“东方的生产水平，西方的消费水平”这一病态的生产消费结构。为了振兴经济，让人民过上好日子，穆巴拉克制定了一系列经济改革措施，促使经济改善。一是实行优惠政策，大量吸引外国投资。政府把对农业和技术的直接投资作为重点，扩大电力供应，优先发展钢铁工业。政府还制定了一系列政策，为企业松绑。1983年8月，穆巴拉克签署了新的国营企业法，扩大了国营企业的经营管理权。在全国建造了17座新型工业城市。在这些城市里建起了一座座工厂，建设了现代化交通通信网。穆巴拉克的新经济政策在最初几年里取得了一些成效，促进了埃及的经济发展速度。1982-1984年，埃及经济增长率为7%-7.5%，财政赤字下降50%。

进入20世纪90年代，他继续采取既积极又稳妥的方针，加大经济改革力度。他在财政、货币金融、汇率、商品价格、投资、改革国营企业及推进私有化等方面出台了许多新的举措，经济状况有所改观，取得了一定成绩。

进入21世纪，穆巴拉克继续谨慎地推进经济改革，并已建立起开放型市场经济，私有化进程不断深入。埃及政府一再申明，鼓励埃及私人投资和外国投资，努力营造适合投资的安全赢利的环境，不断健全投资过程中的法制观念，简化行政手续，提供在埃及投资的资料、信息和机会。然而，埃及国内低迷的经济气氛令国民对经济改革的呼声越来越高。

2004年，穆巴拉克任命新总理纳齐夫重整经济，在克服了严峻的经济形势后，新内阁取得了一定的成功：2004/2005财政年度，埃及股市增幅位居所有新兴经济体增幅之首。

穆巴拉克执政后，奉行和平、友好和不结盟政策，主张在相互尊重主权和不干涉内政的基础上同世界各国发展友好与合作关系。基本上执行萨达特去世前的外交政策，继续奉行积极中立和不结盟政策；积极发展同美国的关系，争取美国在政治、经济、军事等方面给予更多的支持和援助；反对苏联霸权主义及其侵略扩张行径；继续执行同以色列媾和及关系正常化的政策；主动改善同阿拉伯国家的关系。

穆巴拉克任总统后在外交上面临的最大困难是由于萨达特与以色列媾和，埃及被开除出阿盟，阿盟总部由开罗迁往突尼斯，多数阿拉伯国家与埃及断交，致使昔日作为阿拉伯世界中心的埃及在阿拉伯世界处于孤立状态。因此，恢复与阿拉伯国家的关系便成为穆巴拉克在外交方面的首要课题，他为实现这一目标作出了不懈努力。

经过穆巴拉克的不懈努力，埃及与其他阿拉伯国家的关系不断改善。1987年11月在约旦首都安曼召开的阿拉伯国家特别首脑会议决定，任何一个阿盟成员国都可以根据本国的宪法和法律作出与埃及复交的决定。此后，大多数同埃及断交的阿拉伯国家相继与埃及复交。1989年5月在摩洛哥卡萨布兰卡召开的阿拉伯国家特别首脑会议通过了关于正式全面恢复埃及的阿盟成员的决议。

在中东地区，穆巴拉克通过积极进取的外交活动，巩固埃及的地区大国地位。他致力于推动陷于停滞状态的中东和平进程。他主张在安理会242、338号决议和“土地换和平”原则基础上通过谈判解决阿以争端，在中东地区实现全面、公正、持久的和平。

在伊拉克问题上，埃及的态度始终是明确的。海湾危机爆发后，埃及反对伊拉克吞并科威特，认为伊拉克必须执行安理会有关决议，确保其邻国安全，同时强调伊拉克的主权和领土完整不受侵犯。主张是否改变伊拉克政府是伊内部事务，反对外来势力插手伊拉克内政。在伊拉克危机中，埃及反对美国对伊进行军事打击，认为美对伊开战将殃及伊无辜平民，对中东地区局势产生负面影响。伊拉克战争后，埃及主张尽快恢复伊拉克的主权和领土完整，由伊拉克人民管理自己的事务。在这种情况下，埃及在解决伊拉克问题上很难发挥作用。

穆巴拉克认为，恐怖主义是一种国际现象，主张坚决打击任何形式、任何组织策划的恐怖活动。呼吁加强国际反恐合作，倡议联合国在反恐问题上发挥主要作用并支持国际反恐大会。认为包括巴勒斯坦问题在内的中东问题久拖不决以及由饥饿、压迫引发的绝望情绪是产生恐怖主义的根源所在，反对恐怖主义与伊斯兰挂钩，反对将阿拉伯人民反抗外来侵略的民族解放运动与恐怖活动混为一谈。

穆巴拉克先后八次访华，出任总统前后，先后会见过毛泽东、周恩来、邓小平、江泽民、胡锦涛等中国领导人，并与他们建立了良好的关系。

1976年，他作为埃及副总统访华时，会见了毛泽东、朱德和华国锋。穆巴拉克在回到开罗后发表的一项声明中说，自从埃中两国建立外交关系以来，两国就一直在兄弟与友谊的精神中进行合作。他指出，他这次访问中国取得了肯定的成果，对两国关系的发展是一个巨大的推动。他说，在我们遇到的各种困难中，中国坚定地支持我们。中国从未采取损害阿拉伯权利或削弱阿拉伯力量的立场。他说，中国同我们的合作是非常好的，这种合作已扩展到经济、贸易和农业等不同领域。

1983年4月，穆巴拉克访华时，时任中共中央顾问委员会主任的邓小平会见了他。邓小平赞扬中埃建交以来两国一直保持着很好的关系。这次穆巴拉克访华期间，时任中共中央总书记的胡耀邦会见了他。他为结识穆巴拉克总统感到高兴。穆巴拉克表示，埃及很愿意为发展同中国的友好合作支持，我们的关系是悠久的、牢固的。

1991年7月，海湾战争结束后，时任国务院总理的李鹏对中东、海湾六国进行访问，第一站是埃及。穆巴拉克为李鹏总理举行欢迎宴会。

1994年4月，应国家主席江泽民的邀请，穆巴拉克第六次访华。两国领导人举行了会谈。他称赞中埃两国双边友好合作关系持续稳定发展，在政治、经贸等各个领域的交流与合作都在顺利进行。两国对重大国际问题都有相同或相似的看法，在国际事务中进行了很好的协调与合作。江泽民赞扬穆巴拉克一贯重视中埃友谊，为推动两国友好合作关系的发展作出了积极努力和重要贡献。他充分肯定了两国在政治、经济、科技和文化等方面的合作关系得到持续稳定的发展，并希望进一步密切双边往来，推动两国友好关系不断发展。穆巴拉克访华期间，与江泽民主席在北京签署了联合公报，双方确定建立面向21世纪的战略合作关系，从而将两国关系推向新的发展阶段。在北京期间，他参观了北京大学，接受该校授予他的名誉博士证书并发表重要讲演。他还访问了天津市经济开发区和上海市浦东开发区。

2002年1月，穆巴拉克第八次访华，两国签署了《中埃经济技术合作协定》、《中国向埃及提供优惠贷款的框架协议》、《中埃和平利用原子能合作协议》、《中埃关于石油领域开展合作的框架协议》及《关于中国公民组团赴埃及旅游实施方案的谅解备忘录》五个协议。

2004年1月底，胡锦涛主席应穆巴拉克邀请对埃及进行国事访问，受到了接待。他与穆巴拉克就双边关系、中东局势和国际形势进行了深入会谈，达成广泛共识。访问期间，他到阿拉伯国家联盟（阿盟）总部，会见了阿盟秘书长穆萨和阿盟22个成员国代表。同日，中国外长与阿盟秘书长共同发表公报，宣布成立中国—阿拉伯国家合作论坛。此访不仅为中埃关系的进一步发展作出了新的贡献，也标志着中国与阿盟关系进入了一个具有里程碑意义的新阶段。

第四次中东战争爆发前夕，埃军总参谋部制订了对以作战的“十月战争”计划。按这一计划要求，埃军必须在24小时内击溃以军主力。

为确保计划成功，时任埃军空军司令穆巴拉克决定指挥空军对以进行突然空袭。当时以色列有美国支持，武器精良，战斗力较强。穆巴拉克命令一批作战飞机在尼罗河三角洲，苏伊士运河一带上空来回飞行，以此迷惑以色列空军监视。同时他又制定了一个代号为“利比亚使命”的计划，扰乱敌人视线，而这计划就由他本人完成。

1973年10月5日下午四点，亦即“十月战争”计划开始实施前一天，穆巴拉克预定飞机下午6点起飞驶向利比亚，次日返回，还把启程时间通知了埃及驻的黎波里联络处。但是，过了一段时间后，他却通知机长因“特殊原因”推迟两个小时起飞，之后又连续几次推迟时间，直到10月6日下午两点，即“十月战争”计划规定的对以色列开战时间。

1973年10月6日上午，穆巴拉克突然召集空军基地指挥部的高级军官们参加了一个紧急会议，命令空军紧急待命，“十月战争”计划开始实施，第四次中东战争拉开序幕。数百架埃及作战飞机，分别从阿斯旺，曼苏腊，开罗和尼罗河三角洲中部的30多个机场升空，飞往苏伊士运河以东地区，在180多公里的漫长战线上，对以色列在西奈半岛上的指挥部，机场及炮兵阵地进行了猛烈轰炸，以色列在西奈半岛上90%以上的作战设施被埃及空军摧毁，时间仅仅20分钟，埃及空军仅损失5架飞机。“利比亚使命”计划获得圆满成功。

1986年9月，国际法学家组织授予他一项和平奖。

1999年4月，被北京大学授予“名誉博士”称号。

穆巴拉克与夫人苏珊·穆巴拉克（SuzanMubarak，1941年2月28日出生）育有2个儿子：阿拉·穆巴拉克（AlaaMubarak）和贾迈勒·穆巴拉克（GamalMubarak）。

穆巴拉克在一次家宴上与苏姗相识，并对她一见钟情。穆巴拉克与苏姗在开罗的一家俱乐部举行了婚礼。婚后，穆巴拉克与苏姗感情一直很好。

1981年，穆巴拉克刚当选总统时，苏珊成为第一夫人，在埃及这样一个传统的穆斯林社会里，妇女不可锋芒毕露。为了避免遭致萨达特夫人所受的批评，苏姗很少在公开场合露面，即使与穆巴拉克一起出席国务活动，也只站在丈夫后面。因此，她更能为穆斯林所接受。

1989年，联合国儿童基金组织授予她毛里斯·彼得奖，该奖自1965年设立以来第一次授给个人。1994年，世界卫生组织授予她金奖。为了表彰她在扫盲和妇幼保健方面的杰出作用，苏姗被推选为国际抗灾委员会世界十大杰出人士之一。1995年，苏珊出席了在北京举行的世界妇女大会。

穆巴拉克生活检朴，酷爱体育，工作之余，总是去打壁球。

穆巴拉克受命于危难之中。出任总统的20多年间，他励精图治，取得了值得称道的成就。但他走过的道路并不平坦。尽管他度过了不平凡的岁月，但肩上的担子仍不轻松。他面临着大量困难和问题，面临着严峻挑战和考验。（搜狐财经评）

穆巴拉克一贯重视发展对华关系，为促进中埃两国友好合作关系作出了重要贡献。（浙江在线评）

穆巴拉克是位典型的阿拉伯式一家之主，说话一言九鼎，却不乏细心关爱，10余岁的年龄差距让苏珊有种小鸟依人的安全感。（穆巴拉克妻子苏珊评）

穆巴拉克所有遇刺未遂事件中最惊险的一次莫过于在埃塞俄比亚遭枪击。1995年6月26日，非洲各国元首正陆续抵达埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴，参加一年一度的非洲统一组织首脑会议。上午，穆巴拉克的座机在亚的斯亚贝巴国际机场降落，9时许，当穆巴拉克的庞大车队行驶到巴勒斯坦驻埃塞俄比亚使馆附近，突然，一辆“丰田”牌汽车和一辆“富豪”牌汽车从横街疾驶而出，在马路中央停下，四名手持苏制AK－47自动步枪的枪手钻出车门，向穆氏座驾——高级防弹车射击。这时，潜伏在屋顶和附近其它地方的枪手也把子弹射向他的专车。几秒钟内穆巴拉克的汽车已中12弹，其中一颗子弹险些击穿车窗玻璃。三名贴身保镖随即冲出车外，向袭击者射击，两名杀手当场中弹身亡，其他人边打边撤，钻进汽车，逃之夭夭。

2011年1月21日，埃及法庭判决穆巴拉克挪用公款、贪腐罪名成立，处3年有期徒刑，另外，其子因该罪名被判入狱4年。2月11日，穆巴拉克在大规模反政府示威中被迫辞职。同年8月3日，穆巴拉克父子首次出庭受审，所受指控包括在2011年埃及政治动荡中武力镇压示威者以及腐败等。穆巴拉克和他的两个儿子被控从埃及预算资金中挪用1.25亿埃及镑（约合1800万美元），用于修缮和修复总统府。

2012年6月2日，开罗刑事法院判处穆巴拉克终身监禁。随后，穆巴拉克又进行上诉，埃及最高法院宣布重新审理，但此后庭审一拖再拖。

2013年1月，埃及上诉法院于批准了律师对终身监禁判决的上诉请求，决定对穆巴拉克案件进行重审。8月21日，埃及司法部门消息源称，埃及法院下令释放穆巴拉克。8月22日，首都开罗一所监狱释放在押穆巴拉克，送至一所军事医院软禁。穆巴拉克不得离开埃及，资产仍遭冻结。9月14日，埃及开罗刑事法院第七次开庭审理穆巴拉克等人涉嫌谋杀示威者及腐败案，穆巴拉克乘直升机从被软禁的地点马阿迪军事医院到开罗刑事法院参加庭审，他的两个儿子、前内政部长阿德利及其6名助手同时出庭。被告律师关于听取有关官员和前官员更多证词的要求，法庭最终决定将这些案件延期至10月19日再审，届时庭审现场将不对外开放。10月19日，穆巴拉克戴着墨镜、坐着轮椅再次被带进法庭。这是2013年8月他获释并被软禁在开罗附近的一家军医院以来，第三次在法庭上露面。相比前两次，这次的庭审有两点不同：一是埃及前情报主管及其他几名穆巴拉克时代的安全官员将出庭作证；二是不再允许媒体记者进入法院报道。该次庭审一共三天。

2014年5月21日，埃及法庭判决穆巴拉克挪用公款、贪腐罪名成立，处3年有期徒刑，另外，其子因该罪名被判入狱4年。

2014年9月27日，穆巴拉克抵达开罗郊区一个警察学院内的法庭，将就其涉嫌谋杀示威者的罪名接受判决。其支持者在法庭外集会，2011年革命遇难者的亲属与支持者发生冲突。法庭宣布，将对穆巴拉克涉嫌谋杀一案推迟至11月29日宣判。

2014年11月29日，埃及法院作出终审判决，裁决穆巴拉克涉嫌谋杀示威者一案不成立，穆巴拉克将无罪释放。

2016年1月9日，埃及上诉法院驳回穆巴拉克及其子就贪腐案的上诉，维持3年有期徒刑并处以1.25亿埃及镑巨额罚款的判决。

2017年3月2日，埃及最高上诉法院对穆巴拉克涉嫌谋杀示威者一案进行终审，在经过长达将近7个小时的庭审后，法官最终宣布穆巴拉克无罪。该判决为此案的最终判决，将不会再接受任何上诉。

2017年3月24日，穆巴拉克获释回到位于开罗市内的家中。