1964年，借调教育部工作。

1978年，任厦门大学副校长。

1981年，开始招收中国第一批高等教育学硕士生。

1982年，任国务院学位委员会教育学心理学评议组召集人。

1984年，任厦门大学顾问、厦门大学高等教育科学研究所所长。

1986年，开始招收第一批高等教育学博士生。

1993年，任中国高等教育学会副会长，领导创办中国高等教育学研究会并任理事长。

2004年，任厦门大学教育研究院名誉院长。

2010年，任中国高等教育学会高等教育学专业委员会终身名誉理事长。

2020年，在即将100岁的前一个多月，应教育部邀请，尝试“云教学”，通过网络与三万多名海内外学者、教师齐聚云端，互动交流，题目是《高等学校内涵式发展的内涵与样板》。

2022年12月6日8时50分，因多脏器功能衰竭，抢救无效逝世，享年103岁。

潘懋元创建了中国第一个高等教育研究机构，出版了中国高等教育学科的开山之作《高等教育学讲座》和中国第一部《高等教育学》。他毕生扎根中国大地，研究中国问题，构建了中国高等教育的学科体系、学术体系、话语体系，开创中国特色、中国风格、中国气派的高等教育理论。

1978年，潘懋元在报纸上撰文，提出“开展高等教育理论的研究”，发表了《必须开展高等教育的理论研究——建立高等教育学科刍议》。在这两篇文章中，他提出了“高等教育”学科一系列需要研究和改革的问题，第一次向人们展示了该领域的广阔性和发展前景。

截至2020年8月，潘懋元已发表600多篇学术论文，出版著作（含独著、主编、参编等）70多部。

1957年，潘懋元编撰的《高等教育学讲义》成稿。他主编的《高等教育学》，是中国第一部公开出版的高等教育学专著，成为这一新学科的理论基础。

潘懋元多次获得中国普通高校人文社会科学研究优秀成果奖一等奖。

截至2022年12月，潘懋元培养了一大批优秀学者和教育管理人才。从教85年，潘懋元培养了许多杰出人才，有教育部副部长吴岩等。

潘懋元每年给博士生开设两门课：“高等教育专题研究”和“中国高等教育问题研究”。

他提倡建立中国高等教育学会，领导创建全国高等教育学研究会，扶持兄弟高校建立高等教育学硕士和博士学位点，支持中国高等教育学会分支学会建设，推进中国高等教育科学研究和发展，构建高等教育研究的“中国学派”，推动中国高等教育理论走向世界。

潘懋元提倡广泛调查、深入考察、参与教育实践，尽可能使科研成果客观些、科学些，并充分考虑科研成果的可行性。他说，理论和实践是有距离的。一种理论要应用到实践，先要把学术理论转化为应用理论，还要把应用理论转化为政策，再将政策转化为措施，才有可能影响行动。

20世纪80年代中期，潘懋元创设了一种课外学习制度——周末学术沙龙。每周六的晚上，他准时在家里客厅接待他的学生，没有课堂上的正襟危坐和刻板拘谨，大家畅所欲言，既谈学问，也谈人生。30年来，潘懋元的周末学术沙龙延绵不断，举办近800次的“周末学术沙龙”。

在多年的高等教育理论和实践的基础上，潘懋元还探索了一套适合研究生培养的“学习—研究—教学实践”三位一体的研究生课程教学法。潘懋元除了重视学生课程学习外，还强调博士生的学术活动、论文写作和思想修养。在一定意义上，他认为对于博士生而言，学术活动比课程学习更重要。为此，他积极为学生创造良好的学术环境，让学生在其中深受熏陶。潘懋元积极鼓励学生在学术例会上做学术报告和参加学术讨论，还支持他们在校内开讲座。同时，与校外学术组织联系，让学生撰写有—定质量的论文去参加校外学术会议。学生们在参与的过程中活跃了学术思想，扩大了学术视野。潘懋元不仅要求博士生具有独立从事科研的能力，还要使其成为未来学术带头人，要求具备组织、领导集体学术研究的能力。

潘懋元曾获国家优秀教学成果奖一等奖、二等奖。

潘懋元在大学时和同班同学龚延娇谈了恋爱，两人后来结婚，共同养育了三男一女。女儿毕业于中国科技大学，成为厦门最早期的高级工程师之一。三个儿子，一位当了副市长，一位当了重点大学常务副校长，一位当了大学党委书记。

潘懋元先生是中国高等教育学界的一面旗帜。从教87载以来，潘懋元先生见证了中国近百年教育的发展。他治学严谨，笔耕不辍，著作等身。潘懋元先生毕生以教师职业为荣，毕生忠诚于党的教育事业，爱党爱国、立德树人、为人师表、爱生如子。潘懋元先生毕生矢志不渝，致力于繁荣中国高等教育学科。（人民网评）

“潘懋元先生以一个教育家的卓见提出了‘教育内外部关系规律’理论，为中国高等教育理论体系建设奠定了基础；以一个教育家的情怀关注中国高等教育的实践与改革；以一个教育家的使命在中国大地上传播中国特色的教育思想，在世界舞台上发出中国高等教育学者的声音。他的思想与实践引领了中国高等教育学科建设，推进了中国高等教育改革与发展，促进了政府科学决策，提升了中国高等教育国际影响力，为中国高等教育现代化建设作出了杰出贡献。”（厦门大学评）

潘懋元以拓荒者的精神推动一门学科的创立，并以前瞻眼光破除高等教育发展的理论桎梏，他是高等教育学的“名片”。（《中国教育报》评）

潘懋元探索中国式精英人才培养模式，形成了研究生培养经验，为中国国内外高教界所重视，影响辐射海内外；敢为天下先，将教学与科研紧密结合，不断开拓新的研究领域，成为中国高教界一代宗师。他是中国高等教育学科的倡建者和奠基人，“人不下鞍，马不停蹄”正是他的真实写照。（中华人民共和国教育部评）

潘懋元是师之楷模，他始终秉持“知无央”的科学精神，厚植“爱无疆”的人文情怀，以“板凳敢坐十年冷，文章不写半句空”为人生信条。他育人至诚，问道至真，为人至善，为推动中国高等教育学科繁荣发展和培养高等教育专门人才孜孜以求。潘懋元授课语言简练，逻辑严密，生动形象，极富启发性。潘懋元对待生活始终褒有豁达的胸怀，乐观对待生活中的人与事。即使在人生困顿时刻，他也没有怨怼、消沉，仍以一种豁达、宽容、超脱的心态砥砺前行。（教育研究院评）

潘懋元先生是享誉中外的著名教育家，开创了中国高等教育学科，丰富和促进了中国特色高等教育理论体系。执教85年来，潘懋元教授乐育英オ，为人师表，桃李天下，为广大教育理论工作者和教育实践者树立了典范。（杜玉波、鲁昕、朱之文、李家俊、林宝金等致词）

潘懋元教授为中国特色高等教育理论体系和中国高等教育改革发展实践做出了杰出贡献，在中国国内外享有崇高的声望。（中国教育在线评）

潘懋元先生是中国高等教育研究的开拓者，是中国高等教育理论体系的奠基人。已95岁高龄的潘懋元先生精神矍铄，思维敏捷，满头白发遮挡不住先生睿智的话语。他春风化雨、虚怀若谷，有教无类、作育英才，诠释了一名优秀人民教师的深刻含义。（光明网评）

潘懋元先生的一生，是忠于党的教育事业，敢为人先、勇于拼搏的一生；是坚守立德树人初心，爱生如子、甘为人梯的一生；是把论文写在祖国大地上，潜心治学、成果丰硕的一生。潘懋元先生为中国教育事业发展呕心沥血、鞠躬尽瘁，完美诠释了“自强不息，止于至善”的校训精神，是有理想信念、有道德情操、有扎实学识、有仁爱之心“四有”好老师的光辉典范。他的治学精神和道德风范是厦门大学的一面旗帜和宝贵的精神财富，堪称学生为学、为事、为人的大先生。（时任厦门大学党委书记张荣评）

潘懋元不仅是一个“传道授业解惑”的师者，还是做人的航标和榜样，以包容之心育人，以大爱之心化人。他乐观处事。他怀有豁达的胸怀，即使在人生困顿之际，也没有怨怼、消沉，仍以宽容、超脱的心态砥砺前行。他勤于思考。他的睿智随着年龄愈发醇厚，即使年过百岁参加会议发言，也总是思路清晰，言简意赅。抛出独特见解，适时戛然而止，令人回味无穷。他爱生如子，对待学生像子女，对待子女像学生，言教有的放矢，身教重于言教。他布衣素食，生活简单，可是对于教育事业，他却一掷千金。（厦门大学宣传部评）

高等教育学在中国作为独立学科，潘懋元功不可没。（《厦门日报》评）

“潘先生是厦大的大先生、好老师。”（时任厦门大学党委书记张彦评）

“十五从教，他历80载春秋，鲐背之年仍居教学科研第一线。爱生如子，他关怀晚辈，作育英才，桃李满天下。敢为人先，他开创新学，尊为中国高等教育学科奠基人。杏坛传道，他著作等身，荣膺中国高等教育研究终身成就奖。从教乐教，他治学严谨，无愧中国教育界的示范楷模。一心研学，当任治学先锋，新学泰斗。”（2014年9月9日获得全国教书育人楷模荣誉称号颁奖词）

潘懋元设立“懋元奖”，从个人积蓄中拿出近40万元，对那些秉承其“板凳敢坐十年冷，文章不写半句空”、“敢为天下先”、“做学问先做人”之精神的优秀年轻师生给予奖励。

2015年6月13日，潘懋元高等教育思想研讨会暨从教80周年庆祝会在济南大学召开。济南大学为祝贺潘懋元先生从教80周年，特别录制了“高教泰斗 学界楷模”文献纪录片。

2020年8月4日-5日，潘懋元教授从教85周年暨新时代中国高等教育改革与发展高峰论坛在厦门大学举行。来自国家教育部、民盟中央、福建省委省政府、厦门市委市政府、中国教育学会、中国高等教育学、中国职业技术教育学会、有关省市教育厅（局）、部分高校的领导和专家，北京大学、清华大学、天津大学等数十家高校学者参会。庆典仪式上，举行了《潘懋元文集》（修订版）首发式和“潘懋元高等教育基金”捐献仪式，该基金由厦门大学设立，潘懋元多次捐款，2020年8月4日他再次为该基金捐献人民币100万元。

2022年12月10日上午，潘懋元先生告别仪式在集美福泽园敬亲堂举行。时任福建省委常委、宣传部部长张彦，全国政协教科卫体委员会副主任、中国教育学会会长、教育部原副部长朱之文，厦门大学党委书记张荣、校长张宗益，中共福建省委教育工委书记、福建省教育厅党组书记、厅长林和平、厦门市政协副主席黄培强，厦门大学领导林东伟、全海、邓朝晖、邱伟杰、徐进功，厦门大学党委常委孙理、校长助理李智勇，以及福建省、厦门市有关单位领导，来自兄弟院校、科研院所领导和专家学者，厦门大学有关单位负责人、离退休老同志、师生代表及潘懋元先生的亲属和生前亲朋好友、同事、学生等参加仪式。