成化七年（1471年）， 福建按察分司增置漳南道，析福宁道漳州府、建宁道汀州府属之。福宁道辖福州、兴化、泉州三府。

成化八年（1472年）因琉球贡船大多泊於福州，少数往浙江温州，福建市舶司由泉州改驻福州。

成化九年（1473年）析福州府福安、宁德、福宁三县置福宁直隶州。福宁道辖福州、兴化、泉州、福宁三府一州。

16～17世纪

正德十二年（1517年），葡萄牙贸易船队抵达泉州港。

嘉靖三年（1524年）， 福宁道兼兵备，道治改驻泉州府城。

嘉靖十四年（1535年）割漳州府、泉州府、延平府三府四县（漳平、德化、尤溪、永安）边地置节爱县，隶延平府。

嘉靖三十一年（1552年），惠安县原无县城，本年始筑县城，开启明、永安、通惠、朝天四门。

嘉靖三十六年（1557年），德化县原无县城，本年始筑县城，开宾阳、有年二门。

嘉靖三十七年（1558年），南安县原无县城，本年始筑县城，开熙和、平成、文明、拱华四门。

嘉靖三十八年（1559年），福宁道分置兴泉道，福宁道改驻福州府城，兴泉道驻泉州府城。

嘉靖三十九年（1560年），永春县原无县城，本年始筑县城，开三门。同年，倭寇屠掠金门。

嘉靖四十一年（1562年），安溪县原无县城，本年始筑县城，开朝宗、阜成、迎薰、拱极四门。同年，永春县城改开迎晖、来德、文明、拱照四门。

嘉靖四十二年（1563年）重设澎湖巡检司。

嘉靖四十四年（1565年），德化县城增开拱辰门。

嘉靖四十五年（1566年），延平府节爱县地区改名大田县。

万历年间，兴化府仙遊县南庄、港西、东丘、仓厝、交界塘、柯寨、岑兜、秀溪等村划属惠安县。

万历十九年（1591年），德化县城增开来凤门。

万历二十四年（1596年），丰臣秀吉拒绝接受明廷册封为日本国王。

万历二十五年（1597年），日本再度向明廷、朝鲜全面开战，丰臣秀吉发兵十馀萬增援朝鲜倭军。同年，明廷为防止倭军南下占领澎湖为根据地，置水师澎湖遊兵，於春汛、冬汛之时驻防澎湖。

万历二十六年（1598年），丰臣秀吉病卒於日本京都，倭军分批撤离朝鲜。同年，澎湖遊兵舟师增倍。

万历二十九年（1601年）议裁澎湖遊兵，不果。

万历三十年（1602年），浯屿水寨由厦门岛改驻泉州湾南岸之晋江县石湖（今属石狮市蚶江镇），钦依把总沈有容建寨城，固守泉郡门户，巡防兴化府莆田县湄洲岛至同安县担屿。

万历三十二年（1604年），荷兰人乘澎湖遊兵春汛结束官兵撤回内地之际，占领澎湖。同年，沈有容率舟师赴澎湖驱离荷兰东印度公司武装舰队。

万历三十五年（1607年），议割同安、南安、晋江三县地於晋江县安海置安平县，不果。

天启二年（1622年），荷兰东印度公司乘春汛结束、冬汛未至，再次占领澎湖，於风柜尾（今属澎湖县马公市）筑稜堡架炮固守。

天启三年（1623年），福建巡抚南居益邀请荷兰人派遣代表赴厦门岛谈判，随即於宴会囚禁荷兰代表，押送北京斩首，并袭击沿海遊弋之荷兰入侵船舰。

天启四年（1624年），荷兰大举出动船舰绑架中国沿海居民做为回应。同年，南居益派遣福建总兵俞咨皋率舟师登陆澎湖，攻击荷兰守军。双方鏖战半年，在明军陆续增援压迫下，荷兰人最终撤离澎湖，转进台湾。

天启七年（1627年）於晋江县三十六都蟳埔（今属丰泽区东海街道）筑鹧鹕口铳台。

崇祯二年（1629年）於晋江县三十都溜石（今属晋江市池店镇）筑溜石铳台。

清初泉州府治晋江县。辖：晋江县、南安县、惠安县、安溪县、永春县、德化县、同安县，共7县。

此时，府境与四府八县接壤：兴化府一县（仙遊县）、福州府一县（永福县）、延平府两县（尤溪县、大田县）、漳州府四县（漳平县、龙溪县、长泰县、海澄县）。

南明隆武二年及清顺治三年（1646年），郑芝龙降清。同年，置福建提督军门，提督驻泉州、福州两府城。

南明永历元年及清顺治四年（1647年）二月，置福建分巡兴泉道，领兴化、泉州二府，道治驻泉州府城。同年，郑成功大败清提督赵国祚於桃花山（今属丰泽区城东街道），围泉州，又清军援兵至，解泉州之围。

南明永历五年及清顺治八年（1651年），清军攻占厦门岛，旋为郑军击退。

南明永历九年及清顺治十二年（1655年），郑成功退守金、厦，在同安县的厦门岛置思明州。

南明永历十年及清顺治十三年（1656年），清军占领晋江县安海。

南明永历十五年及清顺治十八年（1661年），郑成功自金门发兵至澎湖、台湾，击败盤据台湾之荷兰人，置承天府，领天兴、萬年两县。同年，清廷斩郑芝龙并实施禁海迁界。

南明永历十六年及清康熙元年（1662年），郑成功在台病卒。同年，置福建水师提督军门，统辖全省水师镇营，水师提督驻漳州府海澄县。

康熙二年（1663年）十月，清军攻占金、厦两岛，郑军退往漳州东山岛。同年，裁泉州水师营。

康熙六年（1667年）裁福建分巡兴泉道。

康熙七年（1668年）裁福建水师提督军门。

康熙九年（1670年）四月，置福建分守兴泉道，领兴化、泉州二府，道治驻泉州府城。

康熙十三年（1674年）三月，耿精忠踞福州叛清。五月，郑经复据金门、厦门。六月，郑经入泉州。

康熙十五年（1676年），耿精忠降清，清军入福州。郑军於乌龙江战败，退守兴化府，弃邵武、汀州。

康熙十六年（1677年），郑军又於兴化战败，清军攻占泉州、漳州，郑经逃往厦门。

康熙十七年（1678年）复置福建水师提督军门。福建提督军门改为福建陆路提督军门，统辖全省陆路镇营，陆路提督驻泉州府城。同年，置同安镇。

康熙十八年（1679年），清军占领晋江县东石。

康熙十九年（1680年），清军二度攻占金、厦两岛，水师提督由海澄县改驻厦门岛。同年，改援剿右镇为金门镇。

康熙二十年（1681年），郑经在台病卒。同年，拨水师提标四营官兵分防漳州府龙溪、海澄两县。

康熙二十一年（1682年）裁同安镇。

康熙二十二年（1683年），清军攻占澎湖、台湾。

康熙二十三年（1684年）置台湾府（澎湖列岛属台湾县）及台湾镇，福建水师提督增辖台湾镇。又置福建分巡台厦兵备道，道治驻厦门岛。同年，开放同安县厦门为渡台正口，与台湾府台湾县鹿耳门对渡，又裁洛阳桥营、晋江营、围头营、厦门镇，改同安城守协为同安营。

康熙二十四年（1685年）拨金门镇右营官兵分防漳州府漳浦县镇海卫。同年，原厦门镇中、左、右三营改为南澳镇中、左、右三营，又裁惠安营、灌口营。

康熙二十五年（1686年），泉州府海防同知由泉州府城改驻厦门岛，是为厦门厅。

康熙二十七年（1688年）裁金门镇中营。

康熙三十六年（1697年），同安营由兴化镇改属漳州镇管辖。

18世纪

康熙四十三年（1704年）拨水师金门镇标右营官兵分防漳州府漳浦县井尾澳、将军澳。

康熙四十六年（1707年），福建（含台湾府）出洋渔船比照商船式样由单桅放宽为双桅。

康熙六十年（1721年），台湾爆发朱一贵事件，台厦兵备道梁文煊弃台湾府城逃往澎湖遭正法，清廷以兴泉道陶范接任台厦兵备道。同年，福建分巡台厦兵备道改为福建分巡台厦道。

雍正五年（1727年），福建分巡台厦道改为福建分巡台湾道，专管台湾府，道治由厦门岛改驻台湾府城。福建分守兴泉道改为福建分巡巡海兴泉道，道治由泉州府城改驻厦门岛。

雍正七年（1729年），泉州府督粮通判由泉州府城改驻安海。同年，因福州船匠寡少，经常调派泉州船匠赴福州帮修，远道不便，清廷继福州、漳州、台湾三厂，增设军工战船厂於泉州，承修水师金门、海坛两镇战船。

雍正十年（1732年），南安县丞由县城改驻罗溪。

雍正十二年（1734年）升永春县为永春直隶州，划德化县并延平府大田县归其管辖。福建分巡巡海兴泉道改为福建分巡巡海兴泉永道，增领永春直隶州，大致管辖今莆田市、泉州市、三明市大田县全境以及厦门市大部分、金门县大部分、漳州市少数辖区。

雍正十三年（1735年），同安县丞由县城改驻金门。

乾隆元年（1736年）泉州军工战船厂移至厦门岛，水师提标中、右两营战船由漳州军工战船厂改归泉州厂承修。

乾隆四年（1739年）议设县治於晋江县安海，不果。

乾隆六年（1741年）移兴化府同知为泉州府西仓同知，驻晋江县安海。

乾隆三十一年（1766年）移泉州府西仓同为台湾北路理番同知，驻台湾府彰化县城。同年，泉州府督粮通判由晋江县安海改驻同安县金门，同安县丞由金门改驻灌口。

乾隆三十二年（1767年），福建分巡巡海兴泉永道改为福建分巡巡海兴泉永兵备道，福建分巡台湾道改为福建分巡台湾兵备道。晋江县丞由泉州府城改驻石狮。

乾隆三十五年（1770年），晋江县丞由石狮改驻安海。

乾隆四十年（1775年）从同安县析置马巷厅，泉州府督粮通判由金门改驻马家巷（今翔安区马巷）。至此，泉州府辖五县（晋江、南安、惠安、安溪、同安）及一散厅（马巷）。

乾隆四十五年（1780年），同安县丞由灌口还驻金门，归马巷通判管辖。

乾隆四十八年（1783年）移福宁府通判为泉州府蚶江海防通判。

乾隆四十九年（1784年）增开晋江县蚶江为渡台正口，与台湾府彰化县鹿港对渡。

乾隆五十一年（1786年），台湾爆发林爽文事件，台湾府知府遇害。

乾隆五十二年（1787年），清廷派遣水师提督黄仕简及陆路提督任承恩分别由厦门、蚶江渡台平乱。

乾隆五十三年（1788年）增开福州府长乐县五虎门为渡台正口，与台湾府淡水厅八里坌对渡。

19世纪

嘉庆十五年（1810年），福建西岸三正口（泉州府厦门、蚶江，福州府五虎门）及东岸三正口（台湾府鹿耳门、鹿港、八里坌）船只自由通航，不拘对渡。

嘉庆十八年（1813年），水师金门镇所属闽安协、铜山营与金门镇本标左右二营因相距遥远、声势涣散，分别就近改隶海坛镇、南澳镇。

嘉庆二十二年（1817年），清廷无限放宽商民自造船只粱头尺寸。

道光十三年（1833年），闽浙总督程祖洛禁止水师雇用商船妨碍商民营业。

道光十九年（1839年），都御史祁寯藻、大理寺少卿黄爵滋与闽浙总督邓廷桢筹办福建海防，查禁鸦片。当时晋江、惠安海口部分乡里大姓以通夷贩烟为业，多人拏捕在案。泉府境内鸦片烟土，或由厦门贩往漳州府，或由晋江、惠安贩往兴化府、福州府，或由南安贩往永春州越岭进入尤溪县，经闽江上游之南安船户接应流入延平府、建宁府。

道光二十年（1840年），鸦片战争爆发，英国军舰入侵同安、晋江海面，为水师官兵击退。

道光二十一年（1841年），闽浙总督颜伯焘於厦门岛战败，水师金门镇总兵战死，英军攻占厦门岛。颜伯焘退守同安县城，遭革职。

道光二十二年（1842年），清廷签署中英南京条约，开放广州、厦门、福州、宁波、上海作为通商口岸，是为五口通商。同年，美国归正会牧师抵达厦门传教。

道光二十三年（1843年），英国派遣首任驻厦门领事。

道光二十四年（1844年），英国伦敦会牧师抵达厦门传教。

道光二十五年（1845年），英国自鼓浪屿撤军。

道光二十九年（1849年），美国派遣首任驻厦门领事。同年，美国归正会牧师募款建成厦门新街堂教会。

道光三十年（1850年），英国长老会牧师抵达厦门传教。

咸丰二年（1852年）成立厦门英租界。

咸丰三年（1853年），福建红钱会、乌钱会起义，会众陆续攻陷延平府城、永春州城、兴化府城。同年，小刀会起义，会众攻占厦门岛，在福建巡抚兼闽浙总督王懿德派遣清军夺回厦门後，起义失败。

咸丰四年（1854年），红钱会势力扩及南安县境，筑堡固守，并攻打惠安县城。

咸丰五年（1855年），红钱会攻打泉州府城失利，退往南安。

咸丰六年（1856年），长老会开始於晋江县安海传教。

咸丰七年（1857年），红钱会攻打南安县城。同年，北上与太平天国会师途中，首领林俊於延平府顺昌县中伏遇害。

咸丰八年（1858年），红钱会馀众或继续北上与石达开部会合，或受清廷招抚。

同治元年（1862年），英美两国协商划分各自闽南教会的势力范围。

同治二年（1863年），西班牙、丹麦派遣首任驻厦门领事。同年，长老会开始於泉州府城传教。

同治三年（1864年），法国、德国派遣首任驻厦门领事。

同治四年（1865年），闽浙总督左宗棠暂驻泉州，前往漳州指挥各路清军追击福建太平天国残部。同年，伦敦会开始於惠安县传教。

同治五年（1866年）改金门镇为金门协，金门协由水师提标兼辖。

同治六年（1867年），同安营由漳州镇改属陆路提标兼辖。同年，改金门协右营为湄洲营，亦由水师提标兼辖。

同治七年（1868年），英法驻华公使未将新任驻台领事姓名照会总理衙门，致新任英国驻台领事（兼任多国驻台领事及副领事）未获台湾兵备道以下各级官员承认。英国公使请求海军派遣驻香港军舰开赴凤山县停泊，由凤山县北上台湾府城门户台湾县安平海面威吓台湾官员。又驻台领事要求在北京进行会商，清廷遂令兴泉永兵备道曾宪德渡台赴台湾府协助交涉。交涉过程中，英国驻台领事命令英军炮击安平、掳走兵船并登岸杀伤水师兵勇，安平水师副将受伤服毒自尽。同年，中英签订台湾樟脑条约，由台湾府城商人出资交付英军以赎回安平，英国撤军，事後由总理衙门与英国公使达成协议，将赎款退回府城商人。然而，安平事件仅在条约中增加樟脑由官办改为开放外商采运一项，驻台领事亦遭英国外相谴责并撤换，调往广东潮州府任英国驻汕头副领事，未及上任而病卒。同年，泉州府海防同知示禁贩卖华工。

同治十三年（1874年），陆路提督罗大春由惠安县秀凃港渡台抵达台湾府安平港，前往台湾东北部山区开拓道路并与沿线原住民交战，互有伤亡。

光绪十七年（1891年），比利时派遣首任驻厦门领事。

光绪十八年（1892年），荷兰派遣首任驻厦门领事。

光绪二十一年（1895年），中日签署马关条约，台湾割让日本，日军於台北府基隆厅登陆，流亡军民陆续内渡泉州府地界。同年，德国军舰数艘停泊於金门，派员上岸进行测量，本拟租借金门，後改以山东胶州湾为德国租界。

光绪二十六年（1900年），八国联军攻陷北京。同年，日本东京方面无视东南互保条约，与台湾总督府发动厦门事件，於英、美、法、德、俄五国向日本抗议并派遣军舰抵达厦门与日本海军对峙後被迫撤军，暂缓了并吞中国东南省份之计画。

20世纪

光绪二十八年（1902年），葡萄牙派遣首任驻厦门领事。同年，府城创办泉州府官立中学堂。

光绪二十九年（1903年），兴泉永兵备道与九国驻厦门领事签署《厦门鼓浪屿公共地界章程》，厦门鼓浪屿沦为“公共租界”。

宣统三年（1911年），兴泉永兵备道、泉州知府相继弃官外逃，厦门岛、泉州府城落入革命势力手中。

民国元年（1912年）废。

根据两岸的谱牒、明清墓葬资料，旧时渡海到台湾开发的福建泉州府同安、晋江、安溪、南安、惠安五县诸姓如下：陈、林、王、黄、吴、李、蔡、张、许、郑、杨、谢、洪、苏、曾、周、颜、白、刘、郭、高、叶、庄、施、柯、萧、孙、廖、胡、吕、卢、朱、方、戴、连、姚、何、赵、康、翁、傅、江、邱、徐、侯、薛、宋、潘、蒋、纪、马、赖、梁、卓、詹、沈、杜、邵、彭、罗、尤、魏、余、辜、石、阮、留、邓、蓝、丁、伍、童、龚、范、唐、钱、汪、钟、章、史、秦、褚、巫、万、董、佘、金、程、倪、曹、田、柳、辛、韦、雷、花、游、冯、温、樊、锺、顾、包、严、成、城、俞、蒲、陶、欧、汤、涂、粘、鄞、袁、世、车、穆、殷、凌、易、桂、裴、熊、锜、官、阙、任、出、骆、欧阳，多达131姓。

参见泉州府城

文职署

武职署

泉州府文庙位于泉州市鲤城区中山路嘉泰元年（1201）建棂星门，规制逐步完整。历代屡经修葺，达十九次之多，清乾隆间大修，殿、庑、庭、池悉皆一新。1998年政府拨资重修两庑及大成门，续整治建筑群环境。主体建筑大成殿为典型的宋代重檐庑殿式结构，面阔7间，35.2米，进深5间，20.8米，空间高度约9米。抬梁式木结构，以48根石柱承托，正面有浮雕盘龙檐柱6根，风格古朴，为全国现存孔庙中所罕见。殿前砌露台，须弥座嵌仰莲，覆莲、扶桑、山茶、牡丹、芙蓉等辉绿岩石浮雕。台下为拜庭，两旁古榕垂荫。庭外为半月形泮池，上有元至正九年（1349）建的泮桥，梁式石构，中部拱起，两边有石构护栏。大殿前东西侧筑有东庑和西庑。大成门左为金声，右为玉振，三门联为一体。大成殿东为明伦堂和西庑。明伦堂面阔7间，36.6米；进深5间，22.8米，重檐歇山顶，堂前有露庭，庭外筑方池，上建石桥，直抵育英门。堂之东有宁淳熙八年（1181）建的文昌阁，楼阁式全木结构，惜已毁，仅存阁顶整个屋盖移建于百源川池亭。庙之东西两侧建有乡贤、名宦祠15座，专祠5座，现存6座。南有夫子泉井、海滨邹鲁亭、洙泗桥等胜迹。棂星门西侧有北宋大观元年（1107）建的泮宫门（亦称圣贤门）。占地面积8000多平方米，规模为江南较大的文庙建筑群。现今庙中陈列有整套清代祭孔的礼器、乐器、舞具，在泉州琳琅的文物中独放异彩。1986年8月辟为泉州市博物馆。

泉府城隍庙（位于城内北隅萼辉铺白狗庙境）

乾隆年间

陆路提标（福建陆路提督一员，驻泉州府城，听福州将军、闽浙总督节制）

汛塘北至福州府屏南县，南至泉州府晋江县。

又福宁、建宁、汀州、漳州四镇听福建陆路提督节制：

福宁镇

汛塘北至福宁府寿宁县，南至福州府连江县。

建宁镇

汛塘北至建宁府浦城县，南至永春州大田县。

汀州镇

汛塘北至邵武府光泽县，南至汀州府永定县。

漳州镇

汛塘北至龙巖州宁洋县，南至漳州府诏安县。

水师提标（福建水师提督一员，驻厦门城，听闽浙总督节制）

汛塘北至泉州府同安县，南至漳州府海澄县。

又海坛、金门、南澳、台湾四镇听福建水师提督节制：

海坛镇

汛塘北至福州府福清县，南至兴化府莆田县。

金门镇

汛塘北至福宁府福鼎县，南至漳州府诏安县。

南澳镇

汛塘北至漳州府诏安县，南至漳州府南澳厅。

台湾镇

汛塘北至台湾府淡水厅，南至台湾府凤山县。

泉州府文进士明代五百馀人，清代二百馀人，合计八百馀人。

其中

泉州府境内驿路南连漳州府，北连兴化府。进京驿路由最南端同安县北行，经南安、晋江、惠安、仙遊、莆田、福清、闽、侯官、古田、南平、建安、瓯宁、建阳、浦城等县所属驿站，过仙霞关出省境进入浙江衢州府江山县地界，再经浙江、江蘇、山东、直隶等省抵达北京。

泉州志书最初于南宋嘉定(1208年-1224年)年间编撰。现存最早的一部《泉州府志》是明朝万历四十年(1612年)泉州知府阳思谦聘请原礼部尚书黄凤翔、行省