李兴锐生于道光七年（1827年）九月二十二日，早年随曾国藩镇压太平军。

同治九年（1870年）任直隶大名府知府。旋调江苏，跟随彭玉麟规划长江水师，修筑沿江炮台。

光绪元年（1875年）总办上海机器制造局。

光绪十一年（1885年）参加查勘中越边界。后历任津梅关道，长芦盐运使、广西布政使。

光绪二十六年（1900年）擢江西巡抚。浚治鄱阳湖，导水入江；整顿厘捐，创设农工商局等。

光绪二十八年（1902年）诏行“新政”，他奏请开特科，设银行，修农政，讲武备等。

光绪二十九年（1903年）署闽浙总督。

光绪三十年（1904年）署两江总督，同年八月二十二日病死，享年七十八岁。清廷谕以总督例赐恤，赐谥号为“勤恪”。