6世纪佛教传到日本后，得到统治阶级的大力扶植而迅速成为当时日本社会的主要宗教。神道教因没有系统的教典和完备的组织，一时成为佛教的附庸。佛教提出“佛主神从”的“本地垂迹”说，宣称佛或菩萨是“本地”， 日本神道教所奉之神是佛或菩萨的“分身”或“垂迹”，并把日本诸神作为佛教的护法神。例如日本天台宗把“山王”(在比叡山)称为释迦牟尼佛的化身(垂迹)；真言宗把伊势神宫所奉的天照大神和丰受大神说成是大日如来的化身等。后来伊势神道提出日本诸神为“本地”，而佛菩萨为“垂迹”的“神主佛从”的本迹说，而复古神道则主张神佛彻底决裂。