清初河道总督有三，即：北河河道总督、南河河道总督及东河河道总督。

但北河总督历时不久，乾隆十四年（1749）， 即由直隶总督兼理而不设专官，故清代实际仅存南河及东河二督。河道总督衙门亦按各省总督、巡抚衙门之例，署内不设佐杂属员，应办之事，主要依靠吏员处理。据光绪《大清会典事例》卷一四八所载，河道总督衙门置有书吏二十人，办理署内一应文牍事宜。其他属员及其内部组织情形不详。咸丰八年（1858） 南河总督被裁省，光绪二十八年（1902）东河总督亦被裁省。