明朝洪武二十六年九月（1393年），朱元璋为了纪念周颠仙等人建御碑亭，历史上曾多次毁建和维修。

明正德年间（1506~1521年），庐山御碑亭因年久失修而圮。

明嘉靖十二年（1533年），九江府知府重筑。此后，庐山碑亭又遭损毁。

民国六年（1917年），信士胡瑞霖等6人集净财重修，胡氏以指头书记刻石纪念。

民国二十五年（1936年），庐山管理局局长谭炳训再次主持修，在的四周加设石栏，地下铺岩石块。

民国二十六年（1937年），庐山御碑亭增建月台及四周护栏。

庐山御碑亭保存朱元璋的御碑。御碑高约4米、宽1.3米、厚0.23米。碑石坚白细正反两面有明代书法名家希原手书朱元璋御制诗文。正面（碑阳）刻《周颠仙人传》及“天眼尊者、周颠仙人和诗”。背面（碑阴）刻四仙文咏四仙诗，赐赤脚僧诗等。碑文刻字道劲有力，有虞世南、遂良之笔意。亭因碑而名，阔十多尺，“覆载梁柱”，亭柱及亭顶全以岩石为材料构成端凝重。