在1526年8月29日的第一次摩哈赤战役中，安娜的弟弟拉约什被奥斯曼帝国苏丹苏莱曼一世击败，拉约什也在逃窜时落水而死，波希米亚和匈牙利王位因此空缺。斐迪南主张拥有两个王国的主权，并于同年10月24日当选波希米亚国王，安娜也随即成为波希米亚王后。但匈牙利的问题更加棘手。苏莱曼占领了匈牙利的大部分土地。斐迪南被一群贵族宣布为匈牙利国王，但来自另一派系的匈牙利贵族却拒绝让外国统治者拥有这个头衔，并拥立佐波尧·亚诺什为匈牙利君主。由此产生的冲突在两位竞争者及其继承人之间爆发，并一直持续到1571年。1531年，斐迪南被哥哥查理五世确认为神圣罗马帝国皇帝的继任者，他的头衔也被提升为罗马人的国王。安娜和斐迪南育有十五名子女，他们都在波希米亚或匈牙利出生。几个世纪以来，这两个王国都蒙受着继承人早逝和缺乏继承人的不幸。在生下最后一个女儿约翰娜的几日后，安娜在布拉格去世。1556年，查理五世退位，斐迪南在安娜死后9年继承了帝位。