二、发展阶段（1998年-2007年）：规范和改进国家重点实验室的管理，探索新的实验室建设类型。

科技部规范了“发布指南、部门推荐、专家评审、择优立项”的国家重点实验室新建程序，在国家重大需求领域和新兴前沿领域新建了88个实验室，同时淘汰了17个运行较差的实验室，建立了“优胜劣汰”的竞争机制。此外，根据实验室发展形势与时俱进修订实验室建设与管理办法，加强实验室管理。尤其对实验室评估规则进行了较大的修改，强调质量、定性评价、整体评价等指导思想，取消定量指标，引导实验室出重要原始性创新成果。

2000年开始，在国家重点实验室工作基础上推动学科交叉、综合集成的国家实验室（试点）工作。

2003年，为带动地方基础研究和基地建设，开展了省部共建国家重点实验室培育基地工作。

2006年，为加强国家技术创新体系建设，开展了依托企业和转制院所建设国家重点实验室的工作。

截至2007年底，正在运行的国家重点实验室258个（其中企业国家重点实验室38个），试点国家实验室6个，省部共建国家重点实验室培育基地44个。这些研究实验基地基本覆盖了基础研究的重点学科领域，学科布局和结构布局基本合理。

三、提高阶段（2008年--）：专项经费的设立标志着国家重点实验室进入了新的发展阶段。

2008年3月，科技部和财政部联合宣布设立国家重点实验室专项经费，从开放运行、自主选题研究和科研仪器设备更新三方面，加大国家重点实验室稳定支持力度。

2007年经费14亿元，2008年近20亿元，2009年预计达到25亿元。专项经费的设立，有利于营造宽容失败、摒弃浮躁、潜心研究的科研环境，是国家重点实验室又好又快发展的重要保障，标志着国家重点实验室工作进入了新的发展阶段。

国家重点实验室应围绕国家发展战略目标，面向国际竞争，为增强科技储备和原始创新能力，开展基础研究、应用基础研究（含竞争前高技术研究）和基础性工作。或在科学前沿的探索中具有创新思想；或满足国民经济、社会发展及国家安全需求，在重大关键技术创新和系统集成方面成果突出；或积累基本科学数据、资料和信息，并提供共享服务，为国家宏观决策提供科学依据。

1984年，为加快我国社会主义现代化建设，围绕国家发展战略目标，面向国际竞争，增强科技储备和原始创新能力，原国家计委启动了国家重点实验室建设计划，自1984年至1997年为国家重点实验室起步阶段，相继建成155个国家重点实验室。

1992年-1998年，为加强与国家安全息息相关的国防工业的发展，考虑到国防科技科学研究与应用开发的大量资金需求和保密性要求，国防科工委决定启动国防科技重点实验室建设计划，原国防领域的国家重点实验室陆续自动转为国防科技重点实验室，划归国防科工委管辖。国防科工委此后相继审核增设了两批国防科技重点实验室，使得国防科技重点实验室总数达到55个，其中位于高等院校的35个，位于研究所的20个。

2015年11月，国家科技部公布第三批企业国家重点实验室名单，据了解，本次公布的75个国家重点实验室，分布在新能源汽车、农业生物技术、高性能复合材料、核能、智能电网、电子核心基础等多个领域。

2019年11月，为适应全媒体时代发展需求，推动媒体融合向纵深发展，强化科技支撑，科技部决定批准建设“媒体融合与传播国家重点实验室”“传播内容认知国家重点实验室”“媒体融合生产技术与系统国家重点实验室”“超高清视音频制播呈现国家重点实验室”等4个实验室。

《中华人民共和国2021年国民经济和社会发展统计公报》显示：截至2021年年末，正在运行的国家重点实验室533个。

2018年6月25日，科技部发布《关于加强国家重点实验室建设发展的若干意见》，到2020年，基本形成定位准确、目标清晰、布局合理、引领发展的国家重点实验室体系，管理体制、运行机制和评价激励制度基本完善，实验室经优化调整和新建，数量稳中有增，总量保持在700个左右。

2020年，国家重点实验室的整体水平、开放力度、科研条件和国际影响力显著提升。经优化调整和新建，国家重点实验室总量保持在700个左右。其中，学科国家重点实验室保持在300个左右，企业国家重点实验室保持在270个左右，省部共建国家重点实验室保持在70个左右。到2025年，国家重点实验室体系全面建成，科研水平和国际影响力大幅跃升。

布局方面，《意见》明确，重点围绕世界科技前沿和国家长远发展，围绕区域创新和行业发展，选择优势单位和团队布局建设，适当向布局较少或尚未布局的地方、行业部门倾斜，加强与国家相关科教计划重点任务布局的衔接，推动实验室聚焦重大科学前沿问题，超前布局可能引发重大变革的基础研究和应用基础研究。

围绕数学、物理、化学、地学、生物、医学等相关领域，在干细胞、合成生物学、园艺生物学、脑科学与类脑等前沿方向布局建设。

国家重点实验室作为国家科技创新体系的重要组成部分，是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流、科研装备先进的重要基地。国家重点实验室是依托大学和科研院所建设的科研实体，实行人财物相对独立的管理机制和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。

国家重点实验室的主要任务是针对学科发展前沿和国民经济、社会发展及国家安全的重要科技领域和方向，开展创新性研究。实验室应在科学前沿探索研究中取得具有国际影响的系统性原创成果；或在解决国家经济社会发展面临的重大科技问题中具有创新思想与方法，实现相关重要基础原理的创新、关键技术突破或集成；或积累基本科学数据，为相关领域科学研究提供支撑，为国家宏观决策提供科学依据。

国家重点实验室科研用房应集中，并拥有先进适用的仪器设备和完善的配套设施，仪器设备统一管理，高效运转和开放共享。

国家重点实验室应成为吸引、凝聚国内外优秀人才的基地。国家重点实验室由固定人员和流动人员组成。固定人员包括若干优秀的学术带头人、高素质研究骨干、高水平技术人员和精干的管理人员；流动人员包括访问学者、博士后研究人员。国家重点实验室主任应是本领域高水平的学术带头人，具有较强的组织管理和协调能力，有足够的时间和精力在实验室工作，在实验室的建设和发展中起主导作用；学术带头人为本领域有影响的学者，学术思想活跃，研究成果显著。

国家重点实验室按研究方向和研究内容设置研究单元，保持人员结构和规模合理，并适当流动。实验室应具有良好的培养优秀中青年的条件与业绩，能够培养具有较好科学素质和科研能力的科研后备人才。

国家重点实验室是本领域国内研究中心，对学科领域的发展具有辐射带动作用。开展高水平和实质性的国内外学术交流与合作，积极参与国际重大科学研究计划。

国家重点实验室应具备较高的管理水平，建立良好的运行机制。科研氛围浓厚，学术风气好。规章制度健全，日常管理科学有序。人员岗位职责明确，研究资料完整，环境整洁。

国家重点实验室发展方向是依托单位的重点发展方向之一。依托单位优先支持实验室的建设和发展，并提供相应的条件保障。

为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》，进一步加强国家重点实验室建设，提高我国自主创新能力，2007年，中央财政设立了国家重点实验室专项经费，从开放运行、自主选题研究和科研仪器设备更新三方面，加大对国家重点实验室的稳定支持力度。

截至2013年，中央财政累计安排专项经费173.3亿元，其中2013年安排292个国家重点实验室27.48亿元，包括开放运行和自主选题研究经费20.72亿元，仪器设备购置和升级改造经费6.76亿元。

同时，中央财政创新支持机制和管理方式，注重绩效考评，实行以五年为周期的定期评估机制，结合评估结果，分类分档安排预算，既保障了国家重点实验室的基本正常运行，又调动了其持续创新和发展的积极性。同时，建立了仪器设备购置与全国科技资源清查结果相衔接的机制，避免重复购置。

经过多年的建设与发展，国家重点实验室已发展成为国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流、科研装备先进的重要基地，是我国科技创新体系的重要组成部分，在促进重大科研成果的产生和杰出科学家的培育方面，发挥了不可替代的重要作用。

首批国家重点实验室在1992年-1998年转为国防科技重点实验室名单：

详见：各类重点央企、重点企事业单位、企业等研发中心的企业国家重点实验室。

科技部2003年前后设立了“省部共建国家重点实验室培育基地”计划，强调区域优势、特色同国家战略结合，培育基础研究“国家队”的“预备队”，以进一步加强地方与国家在基础研究方面的衔接。