道光十九年，吴福年参加乡试中举。经会试中式。道光二十五年，道光帝在太和殿举行传胪大典。赐萧锦忠状元，金鹤清榜眼，吴福年探花进士及第。二甲钟启峋等九十八人进士出身，三甲奎章等一百一十六人同进士出身。吴福年进士及第后，授翰林院编修。出任贵州乡试副考官。道光二十六年，他出任贵州乡试副考官。道光二十九年，吴福年出任陕甘学政。

咸丰三年，吴福年出任会试同考官。同年，以编修出任广西学政。而后，历任翰林院侍读，入值南书房，侍讲学士。咸丰六年，吴福年署日讲起居注官。咸丰七年，入上书房行走，吴福年照料恭亲王奕軽读书。