1858年，法国以惩治越南为借口，发动南圻远征。翌年，法军攻占西贡，在南圻建立殖民地。其指挥官查理·里戈尔·德·让乌伊利（黎峨）遂成为了第一代南圻统督。

1862年，越南战败，被迫将边和（今同奈省）、嘉定（今胡志明市）、定祥（今前江省）三省以及昆仑岛割让给法国。1864年，法国在南圻正式成立殖民机构法属交趾支那。此后，法国对越南的殖民行动多由南圻统督进行执行。

1889年，法属印度支那联邦成立，南圻统督隶属于法国派驻的东洋总统全权大臣（即法属印度支那总督）。1954年废除。