1955年9月，玄武区成立新街口街道、大行宫街道、香铺营街道、四牌楼街道、丹凤街街道、玄武门街道、太平门街道、太平桥街道8个办事处，作为区政府派出机构，办理区政府交办的事项，指导玄武区65个居民委员会的工作。

1957年10月，玄武区香铺营街道办事处撤销，所属居民委员会并入新街口街道、丹凤街街道、四牌楼街道3个办事处。

1958年7月5日，江苏省人民委员会通知：为适应“大跃进”形势的需要，将镇江专署的江宁县，扬州专署的江浦、六合两县，划回南京市领导。南京市遂辖有江宁、江浦、六合3县；11月，4个郊区建制撤销，合并为“大郊区”，今区境原属中山陵园区和燕子矶区的地区，划归郊区管辖。9月，燕子矶区、栖霞区、雨花台区和中山陵园区合并为郊区，全市辖8区3县。

1960年4月，玄武区各街道办事处合并改建为新街口、丹凤街、梅园新村3个分社；5月在市级机关及周围单位单独成立北极阁分社；5月7日，成立玄武人民公社，公社和分社均实行政社合一，65个居民委员会合并为19个街道委员会；8月，雨花台区的板桥公社划归白下区管辖；9月，撤销“大郊区”，原郊区的龙潭、十月、紫金山3个农村人民公社，划归玄武区管辖。

1961年，玄武区改新街口、丹凤街、梅园新村3个分社为3个街道办事处，19个街道委员会也调整为54个居委会，从此政社分开；6月，兼辖郊外栖霞镇（包括摄山）、孝陵卫镇和龙潭镇。

1962年6月25日，江苏省人民委员会通知：为恢复和发展农业生产，将市属各县仍划归原属专员公署领导。自此时至1971年初，南京市暂无下属县；7月，市郊区办事处成立，原郊区3个人民公社及3个镇复划归市郊办；8月，玄武区各人民公社、分社撤销，恢复玄武区人民委员会和新街口街道、香铺营街道、梅园新村街道（原大行宫街道）、太平门街道、丹凤街街道、四牌楼街道、要武门街道7个办事处，白下区板桥公社复归雨花台区。

1963年4月，撤销郊区，恢复设立燕子矶、栖霞、雨花、江东、陵园5个区建制，全市辖12区。市郊农村人民公社复由各郊区管辖。7月，陵园区（辖紫金山人民公社和孝陵卫镇）改称中山陵园区。

1965年5月，燕子矶区、栖霞区、雨花区、江东区、陵园区合并为雨花台区和栖霞区，中山陵园区划归栖霞区管辖，全市辖9区。

1968年3月，玄武区各街道成立革命委员会（简称革委会）。8月，将7个街道革命委员会合并为长江路街道、梅园新村街道、丹凤街街道、太平门街道、要武门街道5个革委会。

1970年1月，经江苏省革命委员会批准，南京市成立钟山区，将紫金山公社、马群公社、玄武湖公社、孝陵卫镇和陵园管理处划归钟山区管辖。

1971年3月12日，经中共中央和国务院批准，江宁、江浦两县划回南京市管辖，全市辖9区2县。

1975年4月，撤销钟山区，原辖地改归栖霞区管辖。

1975年11月，国务院批准将六合县划回南京市领导，全市辖9区3县。

1979年至1982年初，原雨花台区所属的象房新村、友谊村、通济门大街划归白下区，南部地域延伸至中和桥，白下区面积扩大到8.732平方千米。

1980年，大厂区成立，全市辖10区3县。12月，因后宰门住宅小区建成，入住人口增加，玄武区将原太平门街道办事处撤销，改为后宰门街道和兰园街道2个办事处。

1983年3月1日，镇江专署的溧水、高淳两县划回南京市。南京市形成6城区、4郊区、5县的区划格局。

1984年2月，小市镇的韶山路、玄武新村两个居委会和玄武湖大队、岗子村、新庄村等地段（包括南京林业大学、锁金村），从栖霞区划归玄武区，玄武区面积扩大到17.5平方千米，锁金村地区划归玄武区管辖后，又增设锁金村街道办事处，使玄武区街道办事处增加到9个。

1987年12月，玄武新街口街道办事处与香铺营街道办事处合并为新街口街道办事处，丹凤街街道办事处与四牌楼街道办事处合并为丹凤街街道办事处。

1995年4月，南京市区划调整，将原属鼓楼区的中央路东侧的廖家巷、大树根、后大树根、中央门4个居委会划入玄武区；将玄武湖镇、孝陵卫镇（苜蓿园、后庄村除外）以及小营、红山、藤子3个行政村和伊刘苗圃、中山陵园风景区，从栖霞区划归玄武区管辖。至此，玄武区面积达80.97平方千米，成为当时南京市面积最大的城区。

1995年，南京市明确为副省级市，市辖区为副厅级，调整市区行政区划。（1）白下区：将雨花台区石门坎镇，栖霞区孝陵卫镇的苜蓿园、后庄2个行政村，划归白下区管辖。（2）秦淮区：将雨花台区红花镇和大校场机场用地范围，划归秦淮区管辖。（3）建邺区：将雨花台区江东镇所辖的河南、所街、兴隆、向阳、东林5个行政村和仁东桥、棉花堤、螺丝桥3个居委会，以及原茶亭行政村，划归建邺区管辖。（4）鼓楼区：将雨花台区江东镇建制及江东镇所辖的清江、江东、河北3个行政村和中保村南半部分，以及江东门、新河口、二道桥3个居委会，划归鼓楼区管辖。（5）下关区：将雨花台区江东镇中保村北半部分和栖霞区的小市镇、迈皋桥镇的五塘村归下关区管辖。（6）雨花台区：将江宁县东山镇的农花村，江宁镇的永安、孙家、邵庄、新建、三山5个行政村和谷里乡的梅村用地范围，划归雨花台区管辖。

1996年3月，玄武区在3个行政村领辖范围设立红山街道办事处。同年12月，撤销孝陵卫镇、玄武湖镇建制，改设孝陵卫街道办事处和玄武湖街道办事处。

2001年1月，江宁撤县建区，全市辖11区4县。

2002年3月，下关区撤销车站街道、中山桥街道，合并设立阅江楼街道；撤销小市街道，设立小市街道、幕府山街道。调整后，下关区辖6个街道：阅江楼街道、热河南路街道、幕府山街道、建宁路街道、宝塔桥街道、小市街道，驻地阅江楼街道。同年4月，原大厂区、六合县撤销，成立新的六合区；原浦口区、江浦县撤销，成立新的浦口区，全市辖11区2县。同年10月，经省人民政府批准，南京市对白下、建邺、鼓楼和雨花台4区的部分行政区划作出调整。具体调整方案为：（1）将雨花台区沙洲街道、双闸街道的秦淮新河以北部分和江心洲镇划归建邺区管辖；将雨花台区沙洲街道、双闸街道的秦淮新河以南部分划归雨花台区西善桥街道管辖；（2）将建邺区朝天宫街道、止马营街道划归白下区管辖；将建邺区滨湖街道汉中门大街以南部分划归南湖街道管辖，汉中门大街及其西延至长江段以北部分划归鼓楼区江东街道管辖；（3）将鼓楼区汉中门大街及其西延至长江段以南部分划归建邺区管辖，其中，江东北路—江东南路以西部分归兴隆街道管辖，江东北路—江东南路以东、集庆门大街以北部分归南湖街道管辖，江东南路以东、集庆门大街以南部分归南苑街道管辖。区划调整后，新的建邺区将覆盖整个河西地区，与鼓楼、白下、雨花台3个区基本上以河、路分界。调整后，建邺区面积82平方千米，人口24.46万人，辖7个街道；白下区面积28平方千米，人口48万人，辖10个街道；雨花台区面积134.6平方千米，人口22万人，辖7个街道；鼓楼区面积30平方千米，人口60万人，辖6个街道。

2007年2月，将建邺区兴隆街道办事处江东村委会划归鼓楼区江东街道办事处管理。行政区划调整后，两区此段行政区域界线走向为：自汉中门大街中心线与清河路交汇处起，折向西南沿清河路中心线至规划的集庆门大街中心线，折向东沿规划的集庆门大街西段中心线至规划的燕山路北段中心线，折向北沿规划的燕山路北段中心线至汉中门大街中心线。经过上述调整，两区所辖街道办事处数量不变，仍各辖7个街道办事处。建邺区兴隆街道办事处管理7个居委会、4个村委会；鼓楼区江东街道办事处管理12个居委会、3个村委会。

2012年，玄武区将梅园新村街道北京东路以北的公教一村社区和后宰门街道龙蟠路以北以西的辖区部分（太平花园小区）划归玄武门街道管辖，将调整后的梅园新村街道与后宰门街道合并设立新的梅园新村街道。调整后，玄武区辖7个街道：梅园新村街道、新街口街道、玄武门街道、锁金村街道、红山街道、孝陵卫街道、玄武湖街道。

2012年7月，雨花台区街道区划调整，宁南街道办事处与雨花新村街道办事处合并，新组建为“雨花街道”。以雨花南路为界，将雨花南路以北的原雨花新村街道辖区范围划入新组建的雨花街道，将雨花南路以南的原雨花新村街道辖区范围划入赛虹桥街道。调整后，雨花台区辖雨花街道、铁心桥街道、板桥街道、西善桥街道、赛虹桥街道、梅山街道6办事处。同年8月，下关区将幕府山街道原张王庙社区的孙家洼路以南划入小市街道；将幕府山街道原白云新寓社区的五塘村1号划入宝塔桥街道；将小市街道河路道社区的汽轮五村（托管）、汽轮七村，安怀新村社区的军犬队家属区、绿苑小区、防化大队小区、一干所、北崮戎院、安怀村455号小区、军械弹药修理所家属区、总装试验场宿舍、六干所、南汽宿舍及安怀东路以北散居划入幕府山街道。

2013年2月，原秦淮区、白下区撤销，成立新的秦淮区；原鼓楼区、下关区撤销，成立新的鼓楼区；溧水、高淳撤县建区，南京市共有11个区。

2015年7月，江苏省人民政府公布《关于调整南京市溧水区和高淳区部分行政区划的批复》，同意撤销溧水区永阳镇、柘塘镇、高淳区淳溪镇、古柏镇，分别设立溧水区永阳街道、柘塘街道、高淳区淳溪街道、古柏街道。

2018年3月，为更好地传承和弘扬历史文化、提升老下关历史文化旅游资源和知名度，助推老下关滨江岸线建设和拥江发展，阅江楼街道更名为“下关街道”。同年5月15日，江苏省人民政府公布《关于调整南京市溧水区部分行政区划的批复》，同意撤销溧水区东屏镇、洪蓝镇、石湫镇，分别设立东屏街道、洪蓝街道和石湫街道。

2019年1月28日，江苏省人民政府公布《关于同意调整南京市高淳区部分行政区划的批复》，高淳区的漆桥镇、东坝镇、桠溪镇、固城镇撤销，分别设立漆桥街道、东坝街道、桠溪街道、固城街道。

2020年3月，南京市人民政府同意雨花台区新设立古雄街道，古雄街道行政区域：东至江宁区行政区划边界，南至古雄社区和新建社区界沿绿洲机器厂北围墙至梅山街道上怡二村北边界，西至宁芜铁路边界，北至西善桥街道边界。管辖大方、古雄、柿子树、新林4个居委会。行政区域面积11.29平方千米，户籍人口3.12万人，常住人口约6万人。古雄街道办事处驻新湖大道16号。

玄武区面积75.46平方千米，辖7个街道，60个社区；区人民政府驻梅园新村街道。

秦淮区面积49.11平方千米，辖12个街道，105个社区；区人民政府驻五老村街道。

建邺区面积81.75平方千米，辖6个街道，64个社区、3个社区筹备组；区人民政府驻沙洲街道。

鼓楼区面积54.18平方千米，辖13个街道，120个社区；区人民政府驻宁海路街道。

浦口区面积913.75平方千米，辖9个街道，96个社区、26个村；区人民政府驻江浦街道。

栖霞区面积395.44平方千米，辖9个街道，102个社区、29个村；区人民政府驻仙林街道。

雨花台区面积132.39平方千米，辖7个街道，66个社区；区人民政府驻雨花街道。

江宁区面积1563.33平方千米，辖10个街道，145个社区、71个村；区人民政府驻东山街道。

六合区面积1470.99平方千米，辖11个街道、1个镇，100个社区、47个村；区人民政府驻雄州街道。

溧水区面积1063.67平方千米，辖5个街道、3个镇，81个社区、37个村；区人民政府驻永阳街道。

高淳区面积790.22平方千米，辖6个街道、2个镇，12个社区、105个村；区人民政府驻淳溪街道。