就在中国着手酝酿和朝鲜的通商事宜时，朝鲜却在1882年7月23日（光绪八年六月初九日）爆发了“壬午兵变”，朝鲜高宗的生父兴宣大院君李昰应利用兵权成功夺权，引发了中国和日本的同时出兵干涉，清政府采取果断措施，迅速平定兵变，拘捕大院君并将他押往中国。清朝利用壬午兵变的机会全面改变对朝鲜的政策，即由过去的“内政外交从不与闻”转化为干涉和控制朝鲜，加速了将朝鲜属国实质化的进程。而日本则强迫朝鲜签订了《济物浦条约》，也从朝鲜勒索了更多特权，包括驻军的权利，清朝和日本不可避免地在朝鲜半岛产生全方位的竞争。所以，壬午兵变虽然暂时中断了中朝通商谈判，但其导致的以上结果对于《中朝商民水陆贸易章程》有着催化剂的作用。

壬午兵变爆发时，来华商谈通商事宜的朝鲜问议官鱼允中随中国军队返回朝鲜，受命议定通商章程的马建忠也把注意力集中于处理壬午兵变问题上，因此中朝通商谈判一度被搁置。但很快鱼允中就于1882年9月24日（八月十三日）搭乘中国军舰“登瀛洲”号赴华完成中朝通商谈判，9月28日（八月十七日）鱼允中抵达天津。马建忠也早9月7日（七月二十五日）从朝鲜回到天津。已从原籍赶回的李鸿章于是命令马建忠和周馥“参稽会典掌故，详考万国公法，凡属邦往来贸易之限，有非与国所可比拟者，因酌定水陆贸易章程八条”。1882年10月3日（八月二十二日），中朝两国开始对条约内容进行最后敲定，并由当时来华的谢恩兼陈奏使赵宁夏、金宏集（金弘集）一行会同鱼允中代表朝鲜政府在《中朝商民水陆贸易章程》上签字，中国的签字人则是草拟该章程的马建忠和周馥。10月11日（八月三十日）李鸿章将通商章程上奏朝廷，并于10月23日（九月十二日）得到皇帝的批准。于是《中朝商民水陆贸易章程》最终达成并生效。

关于《中朝商民水陆贸易章程》的签订过程，有几个地方需要注意。首先，称《中朝商民水陆贸易章程》为通商条约是从广义上来讲的，严格来说它不是一个“条约”（treaty），而是一个类似协定（agreement）的“章程”，这主要是出于中朝宗藩关系的考量。这点在周馥、马建忠对鱼允中的答复便明确指出：“他国所定者条约，必俟两国之批准而后行。兹所定者章程，乃朝廷所特允。一为彼此互订之约章，一为上下所定之条规，其名异而其实故不同也。”因此《中朝商民水陆贸易章程》从一开始就注定是不平等的。其次，由于这是宗主国和附属国间的条约，因此作为宗主国的中国在《中朝商民水陆贸易章程》中获得了大量特权，其中最引人注目的就是序文中明确的“属邦”表述。这并不是从一开始就准备写入的，而是鱼允中对条约草案表示异议时中方才决定加入的，鱼允中称《中朝商民水陆贸易章程》中有一些朝鲜和其他国家所订条约没有的特权，担心各国援例，对朝鲜不利。清朝不以为然，指出：“所虑者或恐他国诘贵国以不同之处，而贵国君臣首鼠其说，不敢显然以三百年臣服朝廷之心，有以关其口而夺其气。……总之，此次所订贸易章程，实与平行各与国会订约款不同。若必虑他国援例要求，末可添一条云：朝鲜久为中国属邦，所定水陆贸易章程系中国优待属邦之意，不在各与国一体均沾之例等语。”同时还教训鱼允中道：“倘尊意必以章程内微有与他国不同，必强请从同而后可，则贵国隐然欲与中国敌体，只知畏日人，而不畏中国矣！”从这个“属邦”表述加入的过程，可以看出朝鲜隐含的自主之意及清朝对宗藩关系的极为敏感。鱼允中在谈判过程中展现自主意识、维护朝鲜利益还体现在他对中方草案中汉城开栈和红参征税的异议，他认为中国人如果在汉城做生意，会使朝鲜市廛商人利益受损，同时也据理力争将朝鲜红参出口到中国的税率降低。最后中方作出妥协，对于汉城开栈有累贫民的问题，将来可作变通处理；同时将原定的红参进口中国税率由原定的30%降为15%。

关于《中朝商民水陆贸易章程》的签订时间记载不详，只能确定在10月初签字，当时的文件只写“光绪八年八月”，而后世关于签订时间有两种说法，中国王铁崖编《中外旧约章汇编》中在签署日期部分标记为“八月二十日”（即阳历10月1日），而韩国国会图书馆立法调查局编《旧韩末条约汇纂》则记录为“八月二十三日”（即10月4日），这两种说法都没有明确来源。不过从当时的记录来看，八月二十二日（10月3日）中朝双方开始进行最后商定，八月二十六日（10月7日）参与签字的朝鲜使臣赵宁夏和金宏集归国，《中朝商民水陆贸易章程》只有可能在10月3日—7日内签字，因此“八月二十日（10月1日）”的说法基本可以排除，八月二十三日（10月4日）比较可信。

朝鲜久列藩封，典礼所关，一切均有定制，毋庸更议。惟现在各国既由水路通商，自宜亟开海禁，令两国商民一体，互相贸易，共沾利益。其边界互市之例，亦因时量为变通。惟此次所订水陆贸易章程，系中国优待属邦之意，不在各与国一体均沾之列。 兹定各条如左：

嗣后由北洋大臣札派商务委员，前往驻扎朝鲜已开口岸，专为照料本国商民。该员与朝鲜官员往来，均属平行，优待如礼。如遇有重大事件，未便与朝鲜官员擅自定议，则详请北洋大臣咨照朝鲜国王，转札其政府筹办。朝鲜国王亦遣派大员，驻扎天津，并分派他员，至中国已开口岸，充当商务委员。该员与道、府、州、县等地方官往来，亦以平礼相待。如遇有疑难事件，听其由驻津大员详请北、南洋大臣定夺。两国商务委员应用经费，均归自备，不得私索供亿。若此等官员执意任性，办事不合，则由北洋大臣与朝鲜国王彼此知会，立即撤回。

中国商民在朝鲜口岸，如自行控告，应归中国商务委员审断。此外财产罪犯等案，如朝鲜人民为原告，中国人民为被告，则应由中国商务委员追拿审断。如中国人民为原告，朝鲜人民为被告，则应由朝鲜官员将被告罪犯交出，会同中国商务委员按律审断。至朝鲜商民在中国已开口岸所有一切财产罪犯等案，无论被告、原告为何国人民，悉由中国地方官按律审断，并知照朝鲜委员备案。如所断案件朝鲜人民未服，许由该国商务委员禀请大宪复讯，以昭平允。凡朝鲜人民在其本国至中国商务委员处，或在中国至各地方官处，控告中国人民各邑衙役人等，不得私索丝毫规费，违者査出，将该管官从严惩办。若两国人民或在本国，或在彼此通商口岸，有犯本国律禁，私逃在彼此地界者，各地方官一经彼此商务委员知照，即设法拿交就近商务委员，押归本国惩办，惟于途中止可拘禁，不得凌虐。

两国商船听其驶入彼此通商口岸交易，所有卸载货物与一切海关纳税则例，悉照两国已定章程办理。倘在彼此海滨遭风搁浅，可随处收泊，购买食物，修理船只，一切经费均归船主自备，地方官第妥为照料。如船只破坏，地方官当设法救护，将船内客商、水手人等，送交就近口岸彼此商务委员，转送回国，可省前此互相护送之费。若两国商船于遭风触损需修外，潜往未开口岸贸易者，査拿船货入官。惟朝鲜平安、黄海道与山东、奉天等省滨海地方，听两国渔船往来捕鱼，并就岸购买食物、甜水，不得私以货物贸易，违者船货入官。其于所在地方有犯法等事，即由该地方官拿交就近商务委员，按第二条惩办。至彼此渔船应征鱼税，俟遵行两年后，再行会议酌定。（査山东渔户因海滨之鱼为轮船惊至对岸每年走私至朝鲜黄海道大小青岛捕鱼者岁以千计）

两国商民前往彼此已开口岸贸易，如安分守法，准其租地、赁房、建屋。所有土产与非干例禁之货，均许交易。 除进出货物应纳货税、船钞悉照彼此海关通行章程完纳外，其有欲将土货由此口运往彼口者，于已纳出口税外，仍于进口时验单，完纳出口税之半。朝鲜商民除在北京例准交易，与中国商民准入朝鲜杨花津、汉城开设行栈外，不准将各色货物运入内地，坐肆售卖。如两国商民欲入内地，采办土货，应禀请彼此商务委员与地方官会衔，给与执照，填明采办处所，车马、船只听该商自雇，仍照纳沿途应完厘税。如有彼此入内地游历者，应禀请商务委员与地方官会衔，给予执照，然后前往。其于沿途地方有犯法等事，统由地方官押交就近通商口岸，照第二条惩办，途中止可拘禁，不得凌虐。

向来两国边界如义州、会宁、庆源等处，例有互市，统由官员主持，每多窒碍。兹定于鸭绿江对岸栅门与义州二处，又图们江对岸珲春与会宁二处，听边民随时往来交易。两国第于彼此开市之处，设立关卡，稽察匪类，征收税课。其所征税则，无论出入口货（除红参外），概行值百抽五。从前馆宇、饩廪、刍粮、迎送等费，悉予罢除。至边民钱财罪犯等案，仍由彼此地方官按照定律办理。其一切详细章程，应俟北洋大臣与朝鲜国王派员至该处踏勘会商，禀请奏定。

两国商民无论在何处口岸与边界地方，均不准将洋药、土药与制成军器贩运售卖。违者査出，分别严加处治。至红参一项，例准朝鲜商民带入中国地界，应纳税则，按价值百抽十五。其有中国商民将红参私运出朝鲜地界，未经政府特允者，査出将货入官。

两国驿道向由栅门陆路往来，所由供亿，极为烦费。现在海禁已开，自应就便听由海道来往。 惟朝鲜现无兵商轮船，可由朝鲜国王商请北洋大臣，暂派商局轮船，每月定期往返一次，由朝鲜政府协贴船费若干。此外中国兵船往朝鲜海滨游历，并驶泊各处港口，以资捍卫，地方官所有供应一切豁除。至购办粮物经费，均由兵船自备，该兵船自管驾官以下，与朝鲜地方官俱属平行，优礼相待。水手上岸，由兵船官员严加约束，不得稍有骚扰滋事。

此次所定贸易章程，姑从简约，两国官民均须就已载者一体恪遵。以后有须增损之处，应随时由北洋大臣与朝鲜国王咨商妥善，请旨定夺施行。

光绪八年八月

中国二品衔津海关道周馥

二品衔候选道马建忠

朝鲜国陈奏正使赵宁夏

陈奏副使金宏集

问议官鱼允中

《中朝商民水陆贸易章程》是中国和朝鲜缔结的第一个通商条约，正如前文所述，虽然它严格意义上来说不是“条约”，但抛开当时中朝两国的名分，也可以近似看做一份条约。《中朝商民水陆贸易章程》可以一言以蔽之为“新瓶装旧酒”，或者用一句洋务派的术语叫“中体西用”，即用近代西方条约的形式，来巩固强化中朝两国传统的宗藩关系。所以，该条约的签订可以说是清廷将其控制和干涉朝鲜合法化、正式化之举，也是清末转变对朝政策、使宗藩关系实质化的重要体现。这个条约是宗主国对属国签订的彻头彻尾的不平等条约。

该条约的意义和作用首先体在经济方面，这本来就是以通商条约，该条约的签订标志着中朝间结束了传统的以朝贡贸易为主的经贸关系，建立了海陆全面通商关系。中国在这个条约中获得了领事裁判权、内地采办权、低关税率、汉城开栈、朝鲜沿岸渔权及沿海航运巡视权等一系列特权。由于当时西方国家在朝鲜享有片面最惠国待遇，因此清朝巧妙地在条约中加入了“惟此次所订水陆贸易章程，系中国优待属邦之意，不在各与国一体均沾之列”，使自己顿时在朝鲜占据优势地位。《中朝商民水陆贸易章程》带有对日本很强的针对性，朝鲜提议的目的本来就是请中国“夺倭商之利”，而中国也急于阻止日本在朝鲜的扩张，因此在谈判过程中大量提及“日人”，似乎将“日人”当做经贸上的假想敌。甚至《中朝商民水陆贸易章程》可以说是与1个多月前朝日《济物浦条约》相应订立的，是清朝牵制日本对朝扩张的手段之一。此后清政府又与朝鲜签订了《仁川华商租界章程》、《中江通商章程》、《吉林贸易章程》等条约，在朝鲜取得了包括仁川、元山等处的租界在内的更多的权益，获得了更多特权。中国商人则自此以后大量涌入朝鲜，并利用这些特权与日本商人在朝鲜半岛展开激烈竞争，在1890年代后一度在贸易方面抢占日本上风。

《中朝商民水陆贸易章程》在政治上的意义则甚于经济，最主要的就体现在序言中的特别声明“惟此次所订水陆贸易章程，系中国优待属邦之意，不在各与国一体均沾之列”，这句话不仅包含了杜绝西方国家利用最惠国待遇“一体均沾”的意图，更明确了朝鲜是中国属邦的事实，实现了清朝自朝鲜开港以来在朝鲜对外条约中加入“属国条款”的夙愿，成为中朝宗藩关系的法律依据。条约中也明文规定朝鲜国王与清朝北洋大臣平级，因此它无论在名义上还是实际上都是一个不平等条约。总而言之，清朝利用这个条约大大强化了对朝鲜的宗主权，朝鲜也成为了中国名副其实的属国。

但是，清朝的如意算盘终究还是落空，而朝鲜代表鱼允中所担忧的“各国援例”也成为现实。当时英国和德国本已在1882年5月《朝美修好通商条约》签订后就依样画葫芦，与朝鲜相继缔结了类似的通商条约。但《中朝商民水陆贸易章程》订立后，他们不满中国在朝鲜独占了如此多的特权，所以拒绝批准业已缔结的朝英、朝德条约，寻求缔结新条约以攫取更多特权。正好朝鲜统治者及开化党人也欲摆脱清朝的干涉与控制，所以英、德两国就利用这一心理，对朝鲜展开工作，在朴泳孝使团访日时就达成了修订新约的共识。1年后的1883年10月，英国和德国使臣巴夏礼和擦贝一起来朝鲜修约，当他们提出低关税等一系列特权时，朝鲜外衙门官员面有难色，反对修约。但掌握实权的朝鲜王妃闵妃却主张同意英、德的要求，她说：“以理言之，彼听我愿，我不可不从彼几条之愿；以事言之，英、德使若不定约而退去，是使清国人拍掌大喜，必尤骄陵，其利害如彼，而若……徒争七五之轻（指7.5%的低关税率），则英使岂不以为朝鲜人无知妄贪乎？”因此朝鲜方面很快改变态度，同英国和德国修订了新的通商条约。

在新的《朝英修好通商条约》和《朝德修好通商条约》中，除了领事裁判权、最惠国待遇、设立租界等特权以外，不仅确立了出口税5%和进口税7.5%的低关税率，还开放了《中朝商民水陆贸易章程》中由清朝垄断的汉城杨花津及内地通商权。此前日本在1883年7月与朝鲜新定《朝日通商章程》，规定了日本货物进口税5%、纺织品8%及朝鲜货物出口税5—10%的低关税率，并确认了日本的最惠国待遇。于是，日本、美国等列强就绕开了《中朝商民水陆贸易章程》，通过最惠国待遇攫取了《朝英修好通商条约》中的特权。而清朝的李鸿章得知朝鲜修约的消息后，并不重视通商特权的修正，只关心这些条约是否像《江华条约》那样公开否认中朝宗藩关系，由于没出现公开否认的情况，所以就听任朝鲜修约。因此，《中朝商民水陆贸易章程》中所规定的中方特权还是被列强瓜分殆尽了，仅在明文规定宗藩关系的条文上保住了宗主国的面子；而朝鲜为牵制清朝而与英、德修约，也付出了很大的利益代价。

1894年，甲午中日战争爆发，日本控制了朝鲜政府，并强迫其与清朝断交，废除《中朝商民水陆贸易章程》。1894年7月25日（阴历六月二十三日），朝鲜督办交涉通商事务赵秉稷知照清廷驻朝官员唐绍仪，宣布《中朝商民水陆贸易章程》及《中江通商章程》、《吉林贸易章程》作废。1899年9月，中国和大韩帝国恢复邦交，以平等的《中韩通商条约》取代《中朝商民水陆贸易章程》，从此中国和朝鲜半岛首次建立了平等外交关系，《中朝商民水陆贸易章程》所代表的实质化的中朝宗藩关系也成为了历史。

《中朝商民水陆贸易章程》在当时便引起了许多朝鲜人的不满，比如作为开化党的尹致昊在日记中写道：“是日，邮便报知新闻载韩清通商条约（即《中朝商民水陆贸易章程》），其大意待他记，大体我君与北洋大臣同等，而全以属藩言之，不胜伤心也。”到了现代，史学界一般认为《中朝商民水陆贸易章程》是一个清廷强加给朝鲜的不平等条约，因此多有批判。如朝鲜学者称“又一个不平等条约在天津缔结了”，“随着清日两国势力的不断渗透和欧美资本主义列强的争相侵略，封建朝鲜的政治经济危机进一步加深了”。韩国历史学家姜万吉指出，壬午兵变后，清政府“更加深入地干涉了朝鲜的外交和内政，并与朝鲜签订《朝中商民水陆贸易章程》等贸易条约，在经济的侵略方面，走在了日本的前面”。甚至还有美国学者称：“这些章程甚至一点都没有经由朝鲜国王同意的迹象”。也有韩国学者对朝鲜王朝一方进行反思，认为当时的朝鲜官员“还缺乏近代意义的民族自觉”，同意将“属邦关系”以条约形式固定下来，以致陷于被动。

该条约的不平等性及对朝鲜主权和尊严的损害固然是一方面，但也应注意到这个条约本身就是朝鲜提议的，甚至朝鲜主动称“既行通商驻使，则可妥议章程，而惟仰上国之裁定耳”，因此《中朝商民水陆贸易章程》不能完全说是强加的条约，而其不平等性也是由于宗藩关系等历史原因所致。而且担当朝鲜一方代表的鱼允中并非对清朝百依百顺，在谈判过程中尽力彰显自主性，维护朝鲜利益，并使清朝在某些方面做出妥协，在双方无异议后才签字的。而且这个条约对日本的扩张也有牵制作用，所以在当时的历史条件下，《中朝商民水陆贸易章程》对朝鲜来说并非全是消极的。